| Titre : | DOCKING MOLECULAIRE D’UNE SERIE BIOACTIVE A INTERET THERAPEUTIQUE |
| Auteurs : | Remaissa Herzallah, Auteur ; Malika Mellaoui, Directeur de thèse |
| Type de document : | Mémoire magistere |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2025 |
| Format : | 1VOL.(78.p) / ill.couv.ill.en coul / 30cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | NS5B, ARN polymérase, MOE, 3SKA, Lipinski, Veber, Swissadme, ADME. |
| Résumé : |
NS5B est l'enzyme qui catalyse la synthèse de l'ARN viral. Elle est indispensable pour que le virus puisse se répliquer et se multiplier dans les cellules infectées. Elle est une ARN-polymérase dépendante de l'ARN. Ce travail s’inscrit dans la perspective de la conception in silico des nouveaux inhibiteurs dérivés de l’indole 6 carboxamide basées sur le docking moléculaire afin de de contourner les limites du criblage expérimental dans le cadre de la recherche de nouveaux médicaments contribuant au traitement de l’hépatite C. Dans cette étude on a utilisé le logiciel MOE pour effectuer un criblage virtuel de 72 composés au niveau du site actif 3SKA, Parmi ces composés, on a identifié neuf molécules présentant une affinité supérieure à celle du composé de référence 053, dont le score était de -7.89 kcal /mol. L’évaluation des propriétés physicochimiques relevant des règles de Lipinski et de Veber, pharmacocinétiques de ces analogues par les serveurs Swissadme a conduit à la rétention d’un seul inhibiteur L67 présentant théoriquement le meilleur profile ADME. Ces résultats constituent une base prometteuse pour le développement de nouveaux médicaments contre le virus de l'hépatite C. |
| Sommaire : |
Introduction générale…………………………………………………………………1 Références bibliographiques ………………………………………………………3 I. Introduction……………………………………………………………………6 II. L’infection par le virus de l’hépatite C …………………………………………6 II.1Découverte de l’agent responsable ……………………………………………6 II.2 Données épidémiologiques……………………………………6 II.2.1 Dans le monde …………………………………………………………6 II.2.2 En Algérie …………………………………………………………………7 II.3 Modes de transmission de VHC et facteurs de risque ………………………8 II.3.1 Transfusions de produits sanguins et dérivés …………………………………8 II.3.2 Drogues par voie veineuse ou nasale ……………………………………8 II.3.3 Transmission nosocomiale et accident d’exposition au sang …………………9 II.3.4 Transmission familiale ………………………………………………9 III. Virus de l’Hépatite C ………………………………………………………9 III.1Taxonomie et description .……………………………………………9 III.2 Génome …………………………………………………………10 III.2.1 Région 5’ non codante…………………………………………………10 III.2.2 Cadre ouverte de lecteur ………………………………………10 III.2.3 Région 3’non codante …………………………………………………10 III.3 Variabilité génotypique et leur répartition géographique……………………11 III.4 Protéines virales …………………………………………………12 III.4.1 Protéine NS5B……………………………………………………………12 III.5 Cycle cellulaire et réplication ………………………………………………13 III.5.1 Rôle de NS5B dans le Réplication de l’ARN viral ………………………14 IV. Développement de la Thérapie ………………………………………15 IV.1 Historique de traitement ………………………………………………15 IV.2 Nouvelles molécules anti-VHC ……………………………………15 IV.2.1Antiviraux à action directe ……………………………………16 IV.2.2 Anti polymérase………………………………………………………16 V. Diagnostique de VHC ……………………………………………………17 Références bibliographiques ……………………………………………………19 I. Introduction ………………………..……………………………………………23 II. Docking moléculaire ……………………………………………………………23 II.1 Définition et principe ………………………………………………………23 II.2 Domaines d'application de docking moléculaire ……………………24 II.3 Type de docking ……………………………………………………………24 II.4 Les étapes de docking moléculaire ………………………………25 II.4.1docking …………………………………………………………25 II.4.1.1 ligand ……………………………………………………25 II.4.1.2 Site actif …………………………………………26 II.4.2 Scoring ... ……………………………………………26 II.5 Validation de docking moléculaire.. …………………………26 II.6 Interactions ligand-protéine ……………………………………………27 II.7 Limites de docking moléculaire ………………………………………28 III. Les paramètres de "DRUG-LIKENESS …………………………………28 III.1 Règle de LIPINSKI ………………………………………29 III.2 Règle de VEBER…………………………………………………29 IV. ADME …………………………………………29 IV.1 Paramètres pharmacocinétiques (absorption-distribution-métabolisme – élimination)…………………………………………………………………………29 Références bibliographique………………………………………31 I. Introduction …………………………………………………………………36 II. Matériels utilisés……………………………………………………37 II.I Microordinateur ………………………………………………………37 II.2 Logiciels ………………………………………………………………37 II.2.1MOE 2014 ………………………………38 II.2.2 ChemDraw ultra 20.0 …………………………38 II.2.3 Hyperchem ……………………………………38 II.3 Banque des données protéiques (PDB)……………………………………39 II.4Swissadme….………….……………………………39 II.5 BIOVIA Discovery Studio Visualizer …………39 III. Méthodologie de travail……… ………………………………39 III.1 Démarche de docking moléculaire ………………39 III.1.1 Préparation de l’enzyme…………… …………………40 III.1.2 Détection de la cavité……………………………………41 III.1.3 Préparation de ligand ……………………………………………………43 III.2 Simulation de docking moléculaire ………………………………………50 III.3 Prédiction des propriétés moléculaires des ligands ………………………50 III.4 Prédiction des propriétés ADME ……………………50 IV. Résultats et discussions… .……………………………………51 IV.I Validation du protocole de criblage virtuel………………………………51 IV.2 Résultat de Docking moléculaire …………………………….…52 IV.3 Les interactions proteine-ligand ……… ……………………53 IV.4 Application des règles de Drug likeness ………………………………70 IV5 Analyse des propriétés ADME….………………71 IV.6 Radar de biodisponibilité………………………73 Références bibliographiques ……………………………74 Conclusion ……………………………………………………78 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/670 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
