| Titre : | Etude d'ancrage moléculaire d'une série bioactive à intérêt thérapeutique |
| Auteurs : | Razika Khemri, Auteur ; Malika Mellaoui, Directeur de thèse |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2024 |
| Format : | 1.VOL.(66.p) / ill.couv.ill.en coul / 30cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | Mots-clés : 1RTD, docking moléculaire, MOE, Règles de Lipinski et de Veber ,inhibiteur de la 1RTD. |
| Résumé : |
Dans cette étude, les méthodes les plus couramment utilisées dans les stratégies de découverte de médicaments thérapeutiques ont été appliquées. Afin d'étudier l'inhibition de la protéine 1RTD impliquée dans le SIDA et d'identifier de nouveaux inhibiteurs, notre travail s'est concentré sur l'utilisation de méthodes de modélisation moléculaire basées sur l'amarrage à l'aide du logiciel MOE. Notre discussion s'est basée sur deux critères : Le score énergétique et les distances d'interaction entre les résidus du site actif de la 1RTD et une série de molécules. Notre étude a révélé que 10 molécules ayant de bons scores d'affinité par rapport au ligand de référence TTP, qui avait un score de (-6,3197 kcal/mol), formaient des complexes stables avec la protéine 1RTD grâce à une meilleure liaison au site actif.Le calcul des propriétés ADME montre que les 10 ligands sélectionnés après l'étude de docking moléculaire répondent aux règles de Lipinski et de Veber, ce qui suggère que ces composés ne causent aucun problème de biodisponibilité orale. Les résultats des dix ligands étaient conformes aux valeurs requises. Nous avons montré que ces dix composés sont intéressants comme point de départ pour la conception d'inhibiteurs de la protéine 1RTD. |
| Sommaire : |
I.1. Introduction .............................3 I.1.1. Définition .............................3 I.1.2. Historique et épidémiologie ............3 I.1.3. Classification et origine du VIH-1 .....4 I.2. Structure du VIH .........................6 I.2.1. Structure du génome viral ..............7 I.2.3. Mécanisme d'entrée du VIH dans les cellules ...........................9 I.2.3.1. Protéines virales et CD4 ............10 I.2.3.2. Co-récepteurs du VIH ................11 I.2.3.3. Mode de transmission du virus .......11 I.3. Diagnostic ..............................12 I.3.1. Thérapeutique .........................13 I.4. Définition de l’enzyme 1RTD .............14 I.4.1. Structure de 1RTD .....................14 I.4.2. Fonction biologique ...................16 I.4.3. Mécanisme chimique et regulation de l’activité...................................................................... 17 I.4.3.1 Activité polymérase ................................................................................................................. 18 I.4.3.2. Activitédel’ARNaseH ............................................................................................................. 18 I.4.4. 1RTD et le idez .......................................................................................................................... 19 I.4.4. Inhibiteur de 1RTD .................................................................................................................. 19 I.4.4.1. Inhibiteur irrévrsibles ......................................................................................................... 19 I.4.4.2 Inhibiteur réversibles ............................................................................................................ 20 II.1. Introduction ................................................................................................................................ 26 II.2. Le docking moléculaire .............................................................................................................. 26 II.2.1. Les outils du docking moléculair ............................................................................................ 26 II.2.1.1. Le récepteur .......................................................................................................................... 26 II.2.1.2. Ligand ................................................................................................................................... 27 II.2.2. Les interactions protein-ligand .............................................................................................. 27 II.2.2.1. Les interactions de Van Der Walls (VDW)......................................................................... 28 II.2.2.2. Les liaisons hydrogènes ........................................................................................................ 28 II.2.2.3. Les interactions électrostatiques ......................................................................................... 29 II.2.2.4. .Les interactions hydrophobes : .......................................................................................... 29 II.2.3. Protocol général de docking ................................................................................................... 29 II.2.4. Type de docking moléculaires ................................................................................................ 30 II.2.4.1. Docking rigide ...................................................................................................................... 30 II.2.4.2. Docking flexible .................................................................................................................... 30 5.3. Docking semi-flexible ........................................................................................................... 31 II.2.6. Les algorithmes de Docking .................................................................................................... 31 II.2.7. Fonction de score ..................................................................................................................... 32 II.3. Paramètres (Drug-like) .............................................................................................................. 33 II.3.1. Règle de LIPINSKI : ............................................................................................................... 33 II.3.2.Régle de veber………………………………………………………………………………….33 Références :.................................................................... III.1.Introduction ............................................................................................................................... 39 III.2. Matériel et outils utilisés.............................39 III.2.1. Micro-ordinateur .....................................39 III.2.2. Banques (Bases) De données et outils logiciels : .....39 III.3. Méthodologie du travail ................................42 III.3.1. Préparation de l’enzyme ..............................42 III.3.2. Détection des cavités ................................43 III.3.3. Préparation des ligands ..............................44 III.3.4. Simulation du Docking moléculaire ....................45 III.3.5. Prédiction Des Propriétés Moléculaires Des Ligands.....................46 III.4. Résultats et Discussion ................................46 III.4.1. Résultats du Docking moléculaire .....................46 Résultats énergétiques de docking moléculaire .................46 Références :.................59 Conclusion générale .........63 Annexe ......................66 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/644 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
