| Titre : | Etude des interactions dans l’inhibition de la protéase NS3/4A du virus de l’hépatite C par Docking moléculaire |
| Auteurs : | Mekka charifa Karoui, Auteur ; Mebarka Ouassaf, Directeur de thèse |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2023 |
| Format : | 1 vol. (103 p.) / ill., couv. ill. en coul / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | protease, VHC, 4A92, Docking moléculaire, DRUG-LIKENESS, ADMET,Inhibiteurs |
| Résumé : |
un rôle essentiel dans la conversion de la polyprotéine virale en ses protéines non structurelles constitutives. Ainsi, le complexe NS3/4A représente une cible prometteuse pour la thérapie antivirale contre le VHC. Dans cette étude visant à développer de nouveaux médicaments contre le virus de l'hépatite C, nous avons utilisé le logiciel MOE pour effectuer un criblage virtuel de 197 composés au niveau du site actif 4A92. Parmi ces composés, nous avons identifié 174 molécules présentant une affinité inférieure à celle du composé de référence F9K, dont le score était de -8.82 kcal/mol. Des serveurs web tels que SwissADME et ProTox II ont été utilisés pour prédire et analyser les propriétés de compatibilité avec les médicaments (DRUG-LIKENESS) ainsi que les paramètres pharmacocinétiques ADMET (absorption, distribution,métabolisme, excrétion et toxicité). Cette étude a permis l'identification de dix-sept composés (7, 13, 21, 30, 33, 34, 88, 93,96, 103, 104, 137, 158, 165, 173, 182 et 183) conformes à la règle de Lipinski, parmi lesquelshuit ne présentent aucun risque en termes de toxicité. Pour confirmer la stabilité de ces huit composés, une simulation dynamique moléculairea été réalisée. Les résultats ont démontré que ces complexes conservent leur intégrité structurelle et leur affinité avec la protéase NS3 du VHC.Ces résultats constituent une base prometteuse pour le développement de nouveauxmédicaments contre le virus de l'hépatite C. |
| Sommaire : |
Introduction générale……………1 Les références……………3 Chapitre I : Recherche bibliographique 1. Introduction…………4 2. Définition l'hépatite virale………4 3. Définition de l'hépatite C……………5 4. Caractéristiques et classification………6 5. La structure…………6 6. Cycle cellulaire de VHC…………8 6.1 Liaison cellulaire et entrée………9 6.2 Translation et traitement…………9 6.3 Réplication de l'ARN…10 6.4 Assemblage et libération du virus………10 7. Les Protéines virales…………10 7.1 Protéine structurale…………11 8. Diagnostic de VHC…18 9. Traitement………19 10. Prévention…………20 Références bibliographiques………21 Chapitre II : METHODES DE CRIBLAGE VIRTUEL IN SILICO 1. Introduction…………27 2. Le criblage virtuel …………27 3. stratégies de criblage virtuel……27 4. Le Docking moléculaire…………28 4.1 Docking avec ligand rigide………29 4.2 Docking avec ligand flexible……29 4.3 Le Docking semi-flexible………29 5. Les outils du docking moléculaires………29 5.1 Les récepteurs…………29 5.2 Les ligands…………………30 6. Les interactions protéine – ligand…………30 6.1 Les interactions de Van Der Walls (VDW).. 30 6.2 Les liaisons hydrogènes………31 6.3 Les interactions électrostatiques……31 6.4 Les interactions hydrophobes………32 7. Les étapes de Docking moléculaire………33 7.1 Le Docking…………33 7.2 Le Scoring…………34 8. Protocole de Docking…………34 9. les fonctionne de score…………35 9.1 Fonctions de score empiriques...35 9.2 Fonctions de score basées sur les champs de force………36 9.3 Fonctions >………………36 9.4 Les fonctions consensus………36 10. Les paramètres de « DRUG-LIKINES »……37 10.1 Règle de LIPINSKI ………………37 11. les propriétés ADME………………33 11.1 Absorption…………38 11.2 La distribution…………38 11.3 Métabolisme…………38 11.4 L‟élimination…………39 11.5 La toxicité ……………40 12. La Dynamique moléculaire ……………40 12.1 Principe …………41 12.2 Mise en œuvre d‟un calcul de DM………41 Les références…………42 CHAPITRE III : RESULTATS ET DISCUSSIONS 1. Introduction…………46 2. Matériel……………47 2.1 Micro-ordinateur……………47 2.2 Banques (bases) de données et outils logiciels ………………47 2.2.1 La banque de données sur les protéines « Protéine Data Bank (PDB) »…47 2.2.2 Swisse ADME…………48 2.2.3 Binding DB…………48 2.2.4 ProTox-II …………48 2.2.5 MOE (Molecular Operating Environnent)……49 2.2.6 BIOVIA Discovery Studio Visualiser………50 3. Méthodologie des calculs…………………51 3.1 Préparation de la protéine……………52 3.2 Détection de cavité………………54 3.3 Préparation des ligands……………55 3.4 Simulation de Docking moléculaire………56 3.5 Prédiction des propriétés moléculaires des ligands…………57 3.6 Prédictions des propriétés ADMET…………57 3.7 Simulation de dynamique moléculaire…………57 4. Résultats et discussion…………58 4.1 Résultats de Docking moléculaire…………58 4.2 Etude les interactions enzyme-ligand………59 4.3 Discussion de Docking moléculaire……………80 5. Résultats des propriétés moléculaires (Drug likness)…………81 5.1 Application de la règle de cinq (règle de Lipinski) ………83 6. propriétés ADME………83 7. la Toxicité…………85 8. Résultats de dynamique moléculaire………88 Les références……97 Conclusion générale…………101 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/600 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
