| Titre : | Criblage de Terpénoïdes comme agents thérapeutiques potentiels contre l’infection à virus Ebola |
| Auteurs : | Romaissa CHennoufi, Auteur ; Mebarka Ouassaf, Directeur de thèse |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2023 |
| Format : | 1 vol. (94 p.) / ill., couv. ill. en coul / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | Protéine VP24, Docking moléculaire,Virus Ebola, DRUG-LIKENESS,ADME-Tox. |
| Résumé : |
Le virus Ebola est un virus extrêmement dangereux qui peut entraîner une maladie grave et potentiellement mortelle chez l'homme et les animaux. La protéine VP24 est une protéine virale clé qui joue un rôle essentiel dans la réplication et la propagation du virus Ebola dans le corps humain. Cette protéine est donc une cible importante pour le développement de médicaments antiviraux qui pourraient aider à combattre l'infection et à sauver des vies. Pour développer de nouveaux médicaments potentiels pour traiter le virus Ebola, la méthode de Docking Moléculaire, utilisant le logiciel Schrödinger, a été utilisée dans ce travail. Cette méthode a permis de cribler virtuellement 244 composés dérivés de Terpénoïdes en se concentrant sur le site actif de la protéine VP24 (4M0Q). Seuls 17 des 244 composés ont montré une affinité supérieure à celle du composé de référence (Bisdéméthoxycurcumine), avec un score inférieur à -4.334 kcal/mol. Pour prédire et analyser les propriétés DRUG-LIKENESS et pharmacocinétiques (ADME-Tox), des serveurs Web tels que SwissADME et pkCSM ont été utilisés. Ces analyses ont permis de conclure que les composés CID (163102707, 76047846, 162966423, 22298413, 162818176, 85225929, 102126897 et 73815018) pourraient être des candidats médicaments inhibiteur potentiels de la protéine VP24 (4M0Q) à l'avenir. |
| Sommaire : |
Introduction générale ........1 Références bibliographiques ....3 Chapitre I: Généralités sur virus Ebola 1. Historique des découvertes des Filovirus ...5 1.1. Découverte du premier Filovirus: le virus de Marburg .......5 1.2. Découverte du second Filovirus: le virus Ebola .....5 2. Classification des virus Ebola ....6 3. Structure du virus Ebola ........8 3.1. Généralités ........8 3.2. Le génome..........9 3.3. Les protéines……10 4. Cycle de réplication virale………………13 4.1. Entrée du virus dans la cellule hôte……14 4.2. Transcription et réplication…………………14 4.3. Assemblage et bourgeonnement du virus………14 5. La vaccination contre le virus Ebola………………15 5.1. Les différentes étapes de la commercialisation d’un vaccin………15 5.2. Quelle cible antigénique choisir pour neutraliser le virus Ebola ?....15 5.3. Les différents essais vaccinaux contre le virus Ebola………16 5.4. Vaccin ChAd3- ZEBOV……………17 5.5. Association Ad26.ZEBOV et MVA-BN-Filo………………18 5.6. Vaccin EBOVΔVP30………………18 5.7. Les vaccins à ADN……………18 Références bibliographiques .....19 Chapitre II: Méthodes de criblage virtuel 1. Criblage virtuel ......24 2. Objectif du criblage virtuel........25 3. Les stratégies de criblage virtuel ...325 3.1. Criblage virtuel basé sur la structure de ligand…………………26 3.2. Criblage virtuel basé sur la structure de la cible……………………26 4. Le Docking moléculaire ......27 4.1. Les méthodes de Docking moléculaire ......28 4.2. Les interactions protéine-ligand………………29 5. Les étapes de Docking moléculaire .....30 5.1. La recherche conformationnelle .......31 5.2. Scoring .......31 6. Les fonctions de score ......31 6.1. Fonctions de score basées sur le champ de force ......32 6.2. Fonctions de score empiriques .....32 6.3. Les fonctions de score basées sur la connaissance ou « knowledge-based » ..32 6.4. Fonctions de score consensus .....33 7. Logiciels de Dockings moléculaire ...33 8. Les paramètres de "DRUG-LIKNES" ..................35 8.1. Règle de LIPINSKI ....35 8.2. Règle de VEBER .......35 9. Filtres ADME-Tox .......36 9.1. Absorption ......36 9.2. Distribution.....37 9.3. Métabolisme .....38 9.4. Elimination .....39 9.5. Toxicité.........39 Références bibliographiques ......40 Chapitre III: Matériels et Méthodes 1. Introduction .......46 2. Matériel et outils utilisés ......46 2.1. Micro-ordinateur........46 2.2. Banques de données et logiciels .....46 2.2.1. La banque de données « Protein Data Bank (PDB) » .....46 2.2.2. La banque de données « PubChem » ......47 2.2.3. Schrödinger suite .........48 2.2.4. BIOVIA Discovery Studio® ...48 2.2.5. SwissADME ......49 2.2.6. pkCSM ......50 3. Méthodologie des calculs .........51 3.1. Préparations des ligands .......51 3.2. Préparation de la protéine .....52 3.3. Détection de cavité ..........53 3.4. Simulation de Docking moléculaire................54 3.5. Prédiction des propriétés moléculaires des ligands.........55 3.6. Prédictions des ADME-Tox propriétés .....55 Références bibliogaphiques .......56 Chapitre IV: Résultats et Discussion 1. Introduction .....58 2. Résultats et discussion……………58 2.1. Résultats de Dockings moléculaires ...58 2.1.1. Étude des interactions protéine -ligand ....60 2.1.2. Discussion de Docking moléculaire ......77 2.2. Résultats des propriétés moléculaires (DRUGLIKNESS)...78 2.2.1. Application de la règle de LIPINSKI ..78 2.2.2. Application de la Règle de VEBER ........80 2.3. Résultats des filtres ADME-Tox ..82 2.3.1. Absorption ...82 2.3.2. Distribution ..84 2.3.3. Métabolisme ...86 2.3.4. Élimination ...87 2.3.5. Toxicité ......88 Références bibliographiques .....90 Conclusion générale ....92 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/592 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
