| Titre : | Etude des différentes modes d’intéractions entre une nouvelle série des composés et l’enzyme impliqué dans la maladie de Parkinson : Approche de Docking/dynamique moléculaire et ADME |
| Auteurs : | Saad Amira, Auteur ; Arbi Manel, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2022 |
| Format : | 1 vol. (73 p.) |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | MAO-A/MAO-B, Dérivés de furanochalcone, Docking moléculaire, Dynamique moléculaire, ADME, Interaction. Abstract |
| Résumé : |
La Monoamine oxydase A (MAO-A) et la monoamine oxydase B (MAO-B) sont les indispensables cibles thérapeutiques pour le traitement de la maladie Parkinson. L'étude de l'inhibition d’une série nouvellement synthétisée (contiennent 18 molécules) des dérivés de furanochalcone avec ces deux enzymes a été réalisée en utilisant les deux méthodes de modélisation moléculaire ; le docking moléculaire et dynamique moléculaire, suivi par un calcul des propriétés ADME. Dans premier temps, La discussion des résultats de docking moléculaire a été basée sur de nombreuses paramètres, et l’analyse de ces résultats montre que les ligands L18 et L12 ont une affinité élevée avec les deux l'enzyme de MAO-A (PDB:2BXR) et le MAO-B (PDB : 2V5Z) respectivement. En plus, le calcul des propriétés ADME a prouvé que ces ligands ne causent aucun problème car ils ne possèdent aucune violation des règles testées : Lipinski, Veber et Egan, ceci nous a permet de les sélectionner comme étant probablement les meilleurs inhibiteurs. En fin, on peut conclure que les deux ligands L18 et L12 peuvent être les concéder comme des meilleurs candidates pour traiter ou ralentir la progression de la maladie de Parkinson. |
| Sommaire : |
Introduction générale ………….1 Références ………….3 CHAPITRE I Méthodes de la modélisation moléculaire I. Introduction……………………4 II. Méthodes de la Modélisation moléculaire…………………5 II.1.Méthodes quantiques………………………………………………………………………..5 II.1.1. Principe de base de la mécanique quantique…………………….6 II.1.2.Méthode ab-initio………………………………. 7 II.1.3.Théorie de la fonctionnelle de la densité (Density Functional Theory DFT)………….7 a.Les fonctionnelles LDA (Local density approximation)…………………………8 b. Les fonctionnelles GGA (Generalized gradient approximation) ………………………..8 II.1.4. Les bases d’orbitales…………….8 II.2. Méthodes semi-empirique………………………………………………………….9 II.3. Méthodes non quantiques (empirique)…………………………10 II.3.1. Mécanique Moléculaire (MM) …………………………………….10 a. Champ de force en mécanique moléculaire………………….11 b. Minimisation de l’énergie ……………………………………………………….12 c. Energie d’interaction entre atomes liés……………………….12 d. Energie d’interaction entre atomes non liés……………………..14 II.3.2. Dynamique Moléculaire……………………….15 II.3.3. Docking moléculaire (amarrage) …………………………………….16 a. Les types de docking moléculaire……………………………………………18 b. Protocole Générale de Docking…………………………………….18 c. Interaction ligand-récepteur…………………………….20 III. ADME……………………………….21 III.1. Absorption………………………….21 III.2. Distribution………………………….22 III.3. Métabolisme………………………………….23 III.4. Elimination………………………….23 IV. Evaluation des propriétés ADME ……………………….24 IV.1 La règle de Lipinski (règle des 5) …………………………….24 IV.2 La règle de Veber …………………………………….25 IV.3 Filtred’Egan ……………………………………………….25 Références……………………….26 Chapitre II : Partie(A) : Protéines, Enzymes, Acide aminés I. Introduction…………………….31 II. II. Les protéines………………………….31 II.1. Définition des protéines ……………………………………….32 II.2. Structure des protéines……………………………………………….32 II.2.1. Structure primaire……………………………….32 II.2.2. Structure secondaire………………………….33 II.2.3. Structure tertiaire …………………………………….34 II.2.4. Structure quaternaire…………………………………………………….35 II.3. Les fonctions des protéines…………………………………….36 II.4. Rôle biologique des protéines ………………………………….36 III. Les enzymes……………………………….37 III.1 Définition ……………………………………………….37 III.2. Classification des enzymes………………………………………37 III.3. Nomenclature……………………………….38 III.4. Notions de spécificité…………………………….38 III.5 Le site actif ……………………………………………….39 III.6. Complexe enzyme-substrat ( E-S)………………………………….39 III.7. Inhibition enzymatique……………………………………………….40 III.7.1. Inhibition réversible ……………………………………….40 a. Inhibition compétitive ………………………………………….40 b. Inhibition in-compétitive (ou anti compétitive) …………………………….41 c. Inhibition non compétitive ou mixte ……………………………….41 III.7.2. Inhibition irréversible…………………………….42 III.8. Nature des interactions substrat-enzyme ……………………………….42 IV. Acides aminés……………………………………………….42 IV.1. Introduction……………………………………………….42 IV.2. Classification des principaux acides aminés …………………………42 a. Polaires chargés ……………………………………………….42 b. Polaires non chargés ………………………………….43 IV.3. Le rôle biologique des acides aminés ………………………….43 PARTIE (B) : la maladie de Parkinson (MP) V. Introduction ……………………………………………….44 V.1. Les symptômes de la maladie de Parkinson…………………………….44 a. Les symptômes moteurs…………………………………………….44 b. Les symptômes non moteurs………………………………………….45 V.2.Les causes de la maladie de Parkinson……………………….45 V.3. Symptômes………………………………….46 V.3.1.Tremblement…………………………….46 V.3.2 ouvement. M ralenti (bradykinésie) :…………………………….46 V.3.3. Les muscles rigides……………………………………………….46 V.3.4. Perte de mouvements automatiques………………………………….46 V.3.5. Modifications de la parole……………………….46 4. Les traitements de la MPV…………………………………….46 References……………………………………………….47 Chapitre III: Résultats et discussion I. Introduction……………………………………………….53 II. Méthodes de calcul…………………………………….54 II.1. Préparation et optimisation des enzymes et des ligands………………………………55 II.1.1. Préparation et optimisation du modèle………………………………………….55 II.1.2. Préparation des inhibiteurs…………………………………………….56 II.2. Docking moléculaire ……………………………………………….58 II.2.1 Etapes du Docking Moléculaire ………………………….58 II.2.1.1. Principes …………………………………….58 II.2.1.2 Structure de l’enzyme ………………………….58 a. Sources…….59 b. Traitement de la structure 3D du récepteur………………………….59 II.3. Simulation de la Dynamique moléculaire………………… 59 II.4. Propriétés ADME ………………………………59 III. Résultats et discussion ……………………….59 III.1. Simulation de Docking moléculaire………………………….59 III.1.1. Interaction : MAO – A- Ligands (Enzyme 1 :2BXR) ……………………….60 III.1.2. Interaction : MAO-B –Ligands (enzyme 2 :2V5Z) …………………………….63 III.2. Dynamique moléculaire………………….66 III.2.1. Interaction : MAO-A Ligands (enzyme 1 :2BXR) ……………………….66 III.2.2. Interaction : MAO-B –Ligands (enzyme 2 :2V5Z) …………………………….68 III.3. Évaluation des propriétés ADME…………………….69 Références………………………………………………….71 Conclusion général…………………………….73 Annexes |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/569 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Empruntable |
