| Titre : | Conception des nouveaux dérivés de thiénopyrimidine à l’activité antibactérienne par les méthodes de modélisation moléculaire |
| Auteurs : | Kahina Djeradi, Auteur ; Lamis Boubechiche, Auteur ; Mebarka Ouassaf, Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2022 |
| Format : | 1 vol. (81 p.) |
| Langues: | Anglais |
| Mots-clés: | PBP3, molecular docking, MOE, thienopyrimpidine derivatives, drug likeness, PBP3 inhibitors, antibacterial. |
| Résumé : |
In this study, the most commonly used methods in the discovery strategies of new therapeutic molecules are applied. In order to study the inhibition of penicillin-binding protein “PBP3” involved in infectious diseases and to identify new inhibitors, our work focused on the use of molecular modeling methods based on molecular docking to using the MOE software, as well as by estimating drug likeness properties. Our discussion is based on two parameters: the energy score and the interaction distances between the active site residues of PBP3 and a series of thienopyrimidine derivatives Our study revealed that 6 molecules having scores of a good affinity compared to the reference ligand CEF whose score is equal to (-6.457 kcal/mol) they form stable complexes with the protein PBP3 by a better fixation on the active site. We determined the drug likeness properties for the selected compounds. The results for all the six ligands were in agreement with the required values. We have shown that these 6 compounds are of interest as a starting point for the design of PBP3 inhibitors antibacterial. |
| Sommaire : |
Chapitre I: Généralité sur les bactéries et les antibiotiques I.1. Introduction ........... 6 I.2. Morphologie cellulaire des bactéries ................... 6 I.3. Les constituants de la cellule bactérienne .............. 7 I.3.1. Paroi cellulaire .......... 8 I.3.2. Membrane cytoplasmique ............. 9 I.3.3. Cytoplasme et appareil nucléaire .......... 10 I.3.4. Plasmides ...... 10 I.3.5. Capsule ....... 10 I.3.6. Cils, flagelles et pili ..... 11 I.3.7. Spores bactériennes .......... 11 I.4. Classification des principales bactéries pathogènes ......... 12 I.5. Traitement des infections bactériennes ............... 14 I.5.1. Définition de l’antibiotique ............... 14 I.5.2. Critères de classification des antibiotiques .......... 14 I.5.3. Classes et cibles bactériennes des antibiotiques ........... 15 I.5.3.1. Conditions d’activité des antibiotiques .............. 15 I.5.3.2. Sites d’actions des antibiotiques ............. 15 vi Chapitre II: Docking moléculaire II.1. Introduction ............ 21 II.2. Le Docking Moléculaire ............. 21 II.2.1. Les outils du Docking moléculaire ........ 23 II.2.1.1.Lerécepteur......... 23 II.2.1.2. Ligand ............ 23 II.2.2. Les interactions protéine-ligand .......... 24 II.2.2.1. Les liaisons hydrogènes ............ 24 II.2.2.2. Les interactions hydrophobes ...... 25 II.2.2.3. Les interactions de Van Der Walls ........ 26 II.2.2.4. Les interactions électrostatiques .......... 26 II.2.3. Protocole générale de Docking ..................... 27 II.2.4. Les programmes du Docking moléculaires ............ 28 II.2.5. Type de Docking moléculaires ........ 29 II.2.5.1. Docking rigide ......... 29 II.2.5.2. Docking flexible ..... 29 II.2.5.3. Docking semi-flexible ....... 29 II.2.6. Algorithmes de Docking .......... 30 II.2.7. Fonction de score .......... 31 II.3. Paramètres Drug-Like .......... 33 II.3.1. Règle de Lipinski ..... 34 II.3.2. Règles de Veber ........... 34 Chapitre III: Résultats et Discussions III.1. Introduction ......... 41 III.2. Matériel et outils utilisés ........ 41 vii III.2.1. Micro-ordinateur .......... 41 III.2.2. Banques (Bases) De données et outils logiciels ....... 42 III.3. Méthodologie du travail ....... 46 III.3.1. Préparation de l’enzyme .......... 47 III.3.2. Détection des cavités ............ 48 III.3.3. Préparation des ligands ............ 50 III.3.4. Simulation du Docking moléculaire .............. 54 III.3.5. Prédiction Des Propriétés Moléculaires Des Ligands ........... 54 III.4. Résultats et Discussion.............. 54 III.4.1. Résultats du Docking moléculaire ..... 54 III.4.1.1. Étude des interactions Enzyme-Ligand de référence ......... 56 III.4.1.2. Étude des Interactions Enzyme- Les Ligands ............ 58 III.4.2. Discussion ..... 70 III.5. Résultats des propriétés moléculaires (Drug likness) ........ 71 III.5.1. Application de la règle de cinq (règle de Lipinski) ........ 71 III.5.2. Application de la Règle de Veber .......... 73 Conclusion générale .... 77 Résumé ...... 79 |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/546 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Empruntable |
