| Titre : | Conception In Silico De Nouveaux Composés Antiviraux |
| Auteurs : | NESRINE HAZHAZI, Auteur ; MOUFIDA BEN YAHOUB, Auteur ; Faiçal Djani, Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2021 |
| Format : | 1 vol. (76 p.) / ill. en coul., couv. ill. en coul. / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | SARS-CoV-2 ; Inhibitor ; Mpro ; Molecular Docking ; Lipinski ; Veber |
| Résumé : |
La propagation rapide du nouveau coronavirus (SARS-COV-2) comme une menace sérieuse pour la santé publique mondiale a besoin de trouver des agents thérapeutiques potentiels. La protéase principale (Mpro) est l'une des cibles de médicament vitales parmi tous les coronavirus, car la protéine est indispensable pour le virus. Les composés naturels sont largement reconnus comme source de drogues antivirales en raison de leur diversité structurelle et de leur sécurité. Dans cette étude, nous avons utilisé la stratégie de Docking moléculaire pour étudier les interactions de 118 composés naturels ayant des propriétés antivirales (anti-VIH) avec Mpro ciblée de coronavirus en utilisant le programme MEO, Notre étude a révélé que 9 molécules ayant des scores d'affinité les plus élevées par rapport ligand e référence N3, avec des scores de Docking allant de (-8,66 kcal à -7,80 kcal / mol). Aussi nous avons déterminé les propriétés drug likeness pour les composés sélectionnés. Cette étude entraîne l'identification de quatre composes 84, 85, 87 et 90 conformément à la règle de Lipinski ainsi que la règle Veber. Nous avons montré que ces quatre composes présentent un intérêt comme point de départ pour la conception des inhibiteurs Mpro SARS-CoV-2. Les composés peuvent être évalués pour leurs activités inhibitrices à l'aide des techniques expérimentales. |
| Sommaire : |
Remerciements…………………………………………………………………………….i SOMMIRE…………………………………………………………………………….......ii LISTE DES FIGURES…………………………………………………………………...iii LISTE DES TABLEAUX………………………………………………………………...iv LISTE DES PRINCIPALES ABRÉVIATIONS............................................v CODES DES ACIDES AMINES CITES DANS CE TRAVAIL……………………….vi INTRODUCTION GENERALE………………………………………………………….1 Référence………………………………………………………………………………...…3 Chapitre I : LE CORONA VIRUS I.1. Introduction…….……………………………………………………………………….4 I.2. Définitions et classification……………………………………………………………..4 I.2.1.Corona virus…………………………………………………………………….4 I.2.2.COVID-19………………………………………………………………………5 I .2.3.Le virus SARS-CoV-2………………………………………………………….5 I.3. L’origine du corona virus SARS-CoV-2……………………………………………….6 I.4. Description du virus responsable de COVID19…….….……………………………….6 I.4.1.Propriétés morphologiques et structurales du corona virus……………………..6 I.5. Cycle de multiplication viral……………………………………………………………7 I.6. Epidémiologie…………………………………………………………………………..9 I.6.1.Caractère épidémiologique à l’échelle mondiale………………………………..9 I.7. Réservoir et mode de transmission……………………………………………………10 I.8. Symptômes et épidémiologie………………………………………………………….11 I.8.1.Prise en charge d’un cas possible d’infection au SARS-CoV-2…....………….12 I.9. Traitement Spécifique de l’infection covid-19…...…………………………………...14 I.9.1.Traitement symptomatique…………………………………………………….14 I.9.1.1Oxygénothérapie……………………………………………………….14 I.9.1.2Ventilation mécanique…………………………………………………14 I.10. Précautions prises pour prévenir le covid-19.…………………………..……………15 Références………………………………………………………………….………….….16 Chapitre II : DOCKING MOLECULAIRE II.1. Introduction…………………………………………………………………………...18 II.2. Docking moléculaire………………………………………………………………….18 II.3. Les outils du Docking moléculaire…………………………………………………...19 II.3.1.Ligand…………………………………………………………………………19 II.3.2.Récepteur……………………………………………………………………...20 II.4. Représentations simplifiées des phénomènes de Docking moléculaire……………..20 II.5. Interaction protéine-ligan……………………………………………………………..22 II.5.1.Interactions électrostatiques…………………………………………………..22 II.5.2.Les forces de Van Der Waals…………………………………………………22 II.5.3.La liaison hydrogène………………………………………………………….23 II.5.4.Interactions hydrophobes……………………………………………………..24 II.6. Processus de scoring………………………………………………………………….25 II.7. Protocole général de Docking………………………………………………………...25 II.8. Paramètres Drug-Like………………………………………………………………...26 II.8.1.Règle de lipinski………………………………………………………………27 II.8.2.Règles de Veber………………………………………………………………27 Références………………………………………………………………………………...28 Chapitre III : RESULTATS ET DISCUSSION III.1. Introduction……...…………………………………………………………………..31 III.2. Matériel et outils utilisés...…………………………………………………………..31 III.2.1.Micro-ordinateur…………………………………………………………….32 III.2.2.Banques (bases) de données et outils logiciels………………………………32 III.3. Méthodologie du travail……………………………………………………………..37 III.3.1.Préparation de l’Enzyme…………………………………………………….39 III.3.2.Détection des cavité………………………………………………………….40 III.3.3.Préparation des ligands………………………………………………………43 III.3.4.Simulation Docking moléculaire…………………………………………….49SOMMAIRE III.3.5.Prédiction des propriétés moléculaires des ligands ………..………………..49 III.4. Résultats et Discussion.…………………………………….………………………..50 III.4.1.Docking moléculaire….……………………………………………………...50 A/ enzyme-ligand de référence (N3).….……………………………………………….….54 B/ Étude des interactions enzyme-ligand.….………………………..………………….....55 III.5. Résultats des propriétés moléculaires (Drug likness)..………………….…………...71 A) Application de la règle de cinq (règle de Lipinski) ……………………………………71 B) Application de la Règle de Veber.………….…………………………………………..73 Références.……………………………………………………………………..…….…...74 CONCLUSION GENERALE…………………………………………………..……….75 ANNEXE |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/488 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
