| Titre : | Etude des différentes modes d’interactions entre la monoamine oxydase B et une nouvelle série des molécules : Approche de Docking /dynamique moléculaire et ADME |
| Auteurs : | Selsabil Nouioua, Auteur ; Khedidja Kribaa, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2021 |
| Format : | 1 vol. (161 p.) / couv. ill. en coul / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Maladie de Parkinson, Docking moléculaire, Dynamique moléculaire, ADME, Interaction |
| Résumé : |
L’intérêt de ce travail est d’identifier des nouveaux inhibiteurs de la maladie de Parkinson dans le but d’étudier l’interaction entre l’enzyme (MOA-B) clé de cette maladie et une nouvelle classe des dérivés de 4-(benzyloxy) phényl et biphényl-4-yle en faisant appel à deux méthodes de la modélisation moléculaire à savoir :docking et dynamique moléculaire, suivi par un calcul des propriétés ADME. Les résultats obtenus de calcul de docking moléculaire montrent que les ligands L9, L17, L35 pour l’enzyme MAO-B (PDB : 6FWC) et L34, L35 et L36 pour l’enzyme MAO-B (PDB : 6RKB) forment des complexes plus stables par rapport aux autres complexes. Selon les simulations de la dynamique moléculaire, nous avons constaté que les trois ligands : L34, L35 et L36 maintiennent les mêmes types d’interactions avec les résidus de site active de MAO-B (PDB : 6RKB).En plus, le calcul des propriétés ADME confirme que tous ligands respectent les règles de : Lipinski, Ghose, Veber et Egan, ainsi qu’ils traversent les membranes cellulaires facilement et ils ont une absorption élevée. En fin, on peut conclure que les deux ligands L9 et L36 peuvent être les concéder comme des meilleurs inhibiteurs pour traiter ou ralentir la progression de la maladie de Parkinson. |
| Sommaire : |
Liste des tableaux
Liste des figures Liste des principales abréviations Introduction générale 1 Références 3 Chapitre I : Méthode de la modélisation moléculaire I. Introduction........................................................................................................................4 II. Méthodes de la modélisation moléculaire ..........................................................................5 II.1. Méthodes quantiques ........................................................................................................5 II.1.1. Méthodes ab-initio .....................................................................................................6 a. Equation de Schrödinger ............................................................................................6 b. Approximation de Born-Oppenheimer .......................................................................7 II.1.2. La théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) ......................................................7 II.1.3. Les bases d’orbitales ..................................................................................................8 II.2. Méthodes semi-empiriques ...............................................................................................9 II.3. Méthode empirique (non quantique) ............................................................................... 10 II.3.1. Mécanique moléculaire ............................................................................................ 11 a. Champ de force en mécanique moléculaire .............................................................. 11 b. Les différentes énergies............................................................................................ 12 c. Différents champs de force en mécanique moléculaire : ........................................... 16 II.3.2. Dynamique Moléculaire ........................................................................................... 17 a. Principe ................................................................................................................... 17 b. Calcul de la Dynamique Moléculaire ....................................................................... 18 II.3.3. Docking Moléculaire (Arrimage) ............................................................................. 18 a. Etapes de Docking Moléculaire................................................................................ 19b. Protocole Générale de Docking................................................................................ 20 II.3.4. ADME ..................................................................................................................... 21 a. Définition de la pharmacocinétique.......................................................................... 21 b. Absorption, Distribution, Métabolisme, Elimination ................................................ 22 III.Références …………………………………………………………………………………...25 Chapitre II : Partie (A) : Protéines, Enzyme et Acide aminé I. Les protéines..................................................................................................................... 27 I.1. Introduction ..................................................................................................................... 27 I.2. Définition ........................................................................................................................ 27 a. La liaison peptidique ................................................................................................... 28 b. Structures spatial des protéines .................................................................................... 29 I.3. Evolution de structure de protéine et techniques de détermination.................................... 35 I.3.1. Cristallographie par rayon X...................................................................................... 35 I.3.2. Résonance magnétique nucléaire (RMN)................................................................... 35 I.4. Rôle biologique des protéines .......................................................................................... 36 I.5. Fonction biologique des protéines ................................................................................... 36 II. Les enzymes ...................................................................................................................... 36 II.1. Introduction.................................................................................................................... 36 II.2. Définition ....................................................................................................................... 37 II.3. Nomenclature ................................................................................................................. 37 II.4. Classification des enzymes ............................................................................................. 38 II.5. Notion spécificité ........................................................................................................... 39 II.6. Les sites actifs ................................................................................................................ 40 II.7. Complexe enzyme-substrat ( E-S)................................................................................... 41 II.8. Inhibition enzymatique ................................................................................................... 41 II.8.1. Types d’inhibition enzymatique ............................................................................... 42 a. Inhibition réversible ................................................................................................. 42b. Inhibition mixte ....................................................................................................... 45 c. Inhibition irréversible............................................................................................... 46 II.8.2. Nature des interactions substrat-enzyme................................................................... 46 III. Les acides aminés.............................................................................................................. 46 III.1. Structure des acides aminés protéiques .......................................................................... 46 III.2. Classifications des acides aminés................................................................................... 47 III.2.1. Polaires chargés ...................................................................................................... 47 III.2.2. Polaires non chargés ............................................................................................... 48 III.2.3. Non polaires ........................................................................................................... 48 III.2.4. Les acides aminés aux propriétés particulières ........................................................ 48 III.3. Propriété Physico-chimique des acides aminés .............................................................. 50 III.3.1. Configuration et isomérie optique (le carbone chiral) .............................................. 50 III.3.2. La solubilité des acides aminés : ............................................................................. 50 III.3.3. Le coloration et le spectre d’absorption des acides aminés : .................................... 50 III.4. Domaines d’utilisation des acides aminés : .................................................................... 51 III.5. Le rôle biologique des acides aminés............................................................................. 51 III.5.1. Le rôle de structure ................................................................................................. 51 III.5.2. Le rôle métabolique : .............................................................................................. 52 III.5.3. Les rôles de médiateurs chimiques et de neurotransmetteurs : ................................. 52 Partie (B) : Maladie de Parkinson I. Introduction...................................................................................................................... 54 II. Les symptômes de la maladie de Parkinson .................................................................... 54 II.1. Les symptômes moteurs.................................................................................................. 54 II.2. Les symptômes non moteurs........................................................................................... 55 II.3. Pathophysiologie de la maladie de Parkinson.................................................................. 56 II.4. L’agrégation de l’α-synucléine et la formation des corps de Lewy .................................. 58 II.5. Cause de la maladie Parkinson........................................................................................ 59II.5.1. Facteurs génétiques .................................................................................................. 60 II.5.2. Facteurs environnementaux...................................................................................... 60 II.6. Symptômes..................................................................................................................... 61 II.7. Les traitements de la MP ................................................................................................ 61 II.7.1. Le traitement médicamenteux................................................................................... 61 II.7.2. Le traitement chirurgical .......................................................................................... 62 II.7.3. Monoamines oxydases (MAO)................................................................................. 63 a. Monoamines oxydases (MAOA) :............................................................................ 63 b. Monoamines oxydases (MAOB) :............................................................................ 63 c. Rôle physiologique de la MAOB................................................................................. 64 d. L’activité anormale des MAOB................................................................................... 64 e. Structure MAOB ......................................................................................................... 65 III. Références.………………………………………………………………………………......66 Chapitre III : Résultats et Discussion I. Introduction...................................................................................................................... 72 II. Méthodes de calcul ........................................................................................................... 74 II.1. Préparation et optimisation des enzymes et des ligands ................................................... 74 II.1.1. Préparation et optimisation du modèle...................................................................... 74 II.1.2. Préparation des inhibiteurs ....................................................................................... 75 II.2. Docking moléculaire....................................................................................................... 78 II.2.1 Etapes du Docking Moléculaire................................................................................. 78 II.2.1.1. Principes............................................................................................................ 78 II.2.1.2 Structure de l’enzyme ......................................................................................... 78 a. Sources................................................................................................................. 78 b. Traitement de la structure 3D du récepteur ........................................................... 79 II.3. Simulation de la Dynamique moléculaire........................................................................ 79 II.4. Propriétés ADME ........................................................................................................... 79III. Résultats et discussion....................................................................................................... 79 III.1. Simulation de Docking moléculaire............................................................................... 79 III.1.1. Interaction : MAO-B –Ligands (Enzyme 1:6FWC) ................................................. 79 III.1.2. Interaction : MAO-B –Ligands (enzyme 2 :6RKB) ................................................. 86 III.2. Dynamique moléculaire................................................................................................. 92 III.2.1. Interaction : MAO-B–Ligands (enzyme 1 :6FWC).................................................. 92 III.2.2. Interaction : MAO-B –Ligands (enzyme 2 :6RKB) ................................................. 94 III.3. Évaluation des propriétés ADME .................................................................................. 96 IV.Références........................................................................................................................... 99 Conclusion générale …………………………………………………………………………...101 Annexes |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/485 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
