| Titre : | Traitement parallèle pour la sélection et la classification des puces à ADN |
| Auteurs : | HIDAYET DJEFFAL, Auteur ; Leila Djerou, Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2020 |
| Format : | 1 vol. (80 p.) / ill. / 29 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Bioinformatique,Puce à ADN,Sélection des gènes,ANOVA,calcul parallèle. |
| Résumé : | Les puces à ADN (micropuces) permettent d'étudier le transcriptome par l'observation simultanée de l'expression de plusieurs milliers de gènes dans une cellule ou un tissu. Elles jouent unrôle majeur dans la compréhension des maladies génétiques, comme le cancer et développer de nouvelles molécules thérapeutiques. Les données sur l’expression des gènes de puces à ADN présentent l'inconvénient majeur d'une malédiction de dimensionnalié, où le nombre de caractéristiques est énorme par rapport à celui d'échantillons. Les méthodes de sélection des gènes ne sélectionnent que les gènes qui jouent un rôle de premier plan dans la détection d'une maladie et son traitement adéquat. Cependant, la plupart de ces méthodes prennent beaucoup de temps. En outre, les outils traditionnels d'évaluation et de prétraitement séquentiel de la qualité des micropuces ne sont pas en mesure de gérer une grande quantité de jeux de données.Dans ce travail nous avons proposé une méthode d’ANOVA pour la sélection des gènes en parallèle en exploitant la boite outil de calcul parallèle en matlab (Parallel Computing Toolbox PCT), puis nous avons appliqué l'algorithme de classification kNN pour évaluer la précision de la classification. |
| Sommaire : |
Introduction générale .................................................................................................................... 13
1.1. Introduction ..................................................................................................................... 3 1.2. Bio-informatique et puces à ADN .................................................................................... 3 1.2.1. Bio-informatique ...................................................................................................... 3 1.2.2. Terminologie ............................................................................................................ 4 1.3. Puces à ADN ..................................................................................................................... 7 1.3.1. Définition et principe ............................................................................................... 7 1.3.2. Phase d’analyse par puces à ADN ............................................................................ 9 1.3.3. Types des puces à ADN .......................................................................................... 12 1.3.4. Domaine d’application ........................................................................................... 13 1.3.5. Banque de données d’expression des gènes ......................................................... 14 1.4. Conclusion ...................................................................................................................... 15 Chapitre 2. Sélection d’attributs ............................................................................................... 16 2.1. Introduction ................................................................................................................... 16 2.2. Sélection d’attributs ....................................................................................................... 16 2.2.1. Définition ............................................................................................................... 16 2.2.2. Processus de la sélection d’attributs ..................................................................... 18 2.3. Sélection d’attributs biopuces ....................................................................................... 25 2.4. Conclusion ...................................................................................................................... 27 Chapitre 3. Solution envisagée et conception .......................................................................... 29 3.1. Introduction ................................................................................................................... 29 3.2. Analyse de la variance ANOVA ................................................ 29 Traitement parallèle pour la sélection et la classification des puces à ADN 3.2.1. Hypothèse de l’ANOVA .......................................................................................... 31 3.2.2. Modèles d’ANOVA ................................................................................................. 31 3.2.3. F-test statistique .................................................................................................... 33 3.2.4. Table d’ANOVA ....................................................................................................... 35 3.2.5. F-Distribution ......................................................................................................... 36 3.2.6. P-value ................................................................................................................... 37 3.2.7. P-value et niveau alpha .......................................................................................... 37 3.3. Calcul parallèle via Matlab Parallel Computing Toolbox ............................................... 38 3.3.1. Le calcul parallèle ................................................................................................... 38 3.3.2. Types de parallélisme ............................................................................................. 39 3.3.3. Outils de calcul parallèle sous Matlab ................................................................... 41 3.4. Conception générale et détaillée ................................................................................... 46 3.4.1. Conception globale ................................................................................................ 46 3.4.2. Conception détaillé ................................................................................................ 47 Mesures calculées à partir d'une matrice de confusion : .............................................................. 54 3.5. Conclusion ...................................................................................................................... 55 Chapitre 4. Implémentation ..................................................................................................... 57 4.1. Introduction ................................................................................................................... 57 4.2. Environnement et outils de développement ................................................................. 57 4.2.1. Environnement et développement ........................................................................ 57 4.2.2. Outils utilisés .......................................................................................................... 58 4.3. Système de sélection proposée ..................................................................................... 63 4.3.1. Ensemble des données utilisées ............................................................................ 63 4.3.2. Prétraitement des données ................................................................................... 64 4.3.3. Sélection des gènes ................................................................................................ 66 4.3.4. Visualisation des résultats ..................................................................................... 67 4.4. Conclusion ...................................................................................................................... 67 Chapitre 5. Expérimentation et résultats ................................................................................. 69 5.1. Introduction ................................................................................................................... 69 5.2. Expérimentations et résultats ........................................................................................ 69 5.2.1. Détermination des meilleurs Paramètres .............................................................. 69 5.2.2. Analyse des résultats ............................................................................................. 71 5.2.3. Evaluation des résultats ......................................................................................... 74 Traitement parallèle pour la sélection et la classification des puces à ADN 5.3. Conclusion ...................................................................................................................... 74 Conclusion générale ....................................................................................................................... 75 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MINF/553 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
