| Titre : | Étude de docking moléculaire: application au récepteur du facteur de croissances épidermique |
| Auteurs : | Faiza Asli, Auteur ; Dalal Harkati, Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2020 |
| Format : | 1 vol. (70 p.) / couv. ill. en coul. / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Docking,EGFR,Quinazoline et Quinoliène,MOE. |
| Résumé : |
avec le développement des outils informatiques dans les 20 dernières années, la modélisation moléculaire et plus précisément le docking moléculaire (arrimage moléculaire) a très vite pénétré dans le domaine de la recherche pharmaceutique. Notre travail consiste à étudier l’inhibition de l’enzyme EGFR (1M17) impliquée dans la maladie de cancer avec des déférents inhibiteurs dérivés de quinazoline et quinoléine par le docking moléculaire. Les valeurs des ligands L148 et L177 sont les meilleurs ligands pour inhiber l’activité de l’1M17 puisqu’il forme un complexe stable avec cette enzyme par une meilleure fixation sur le site actif. Les résultats obtenus montre que les ligands L148 et L177 donnent des faibles interactions avec les résidus de site actifs EGFR(1M17) . Cette étude a permis d’identifier un futur candidat L148 et L177 qui stabilisent les complexes formés de ce ligands, ce qui donne une meilleure fixation au niveau du site actif, et un RMSD de L148 [1,9563 Å] et de L177 [ 1,2483 Å]. |
| Sommaire : |
DEDICACE ...........................................................................................................I REMERCIEMENTS .......................................................................................................II SOMMAIRE .............................................................................................................III Liste des tableaux.............................................................................................................................VI Liste des figures..............................................................................................................X Liste des abréviations......................................................................................................................XIII Introduction générale...............................................................................................................1 Référence bibliographique..........................................................................................................3 CHAPITRE I Aperçu bibliographique sur le docking moléculaire 1. Introduction..................................................................................................................4 2. Les cibles des médicaments.........................................................................................................4 2.1. Les différents types de cibles thérapeutiques........................................................................5 2.2. Mécanisme d’action des médicaments sur les récepteurs......................................................6 3. Découverte de médicaments assistée par ordinateur.....................................................................7 4. Docking moléculaire....................................................................................................................8 4.1. Principe générale de docking moléculaire.................................................................................9 4.2. Types de docking moléculaire...................................................................................................9 4.3. Le processus de docking moléculaire........................................................................................10 4.3.1. Détermination du site actif..............................................................................10 4.3.2 La recherche conformationnelle.....................................................................10 4.4. Les paramètres de docking moléculaire....................................................................................11 4.4.1. Le RMSD (Root Mean Square Deviation) ....................................................11 4.4.2. Le “scoring” ....................................................................................................12 4.5. Les interactions intermoléculaires « médicament-cible » ........................................................12 4.5.1. Interactions ioniques (interactions charge-charge) ........................................12 IV 4.5.2. Interactions ion-dipôle..................................................................................13 4.5.3. Interactions dipôle-dipôle.............................................................................14 4.5.4. Interactions dipolaires induites par les ions.................................................14 4.5.5. Liaison à l'hydrogène....................................................................................15 4.5.6. Interactions π-π..............................................................................15 5. Conclusion............................................................................................................16 Référence bibliographique....................................................................17 CHAPITRE 1I Aperçu bibliographique sur le cancer et les récepteurs à activité tyrosine kinase 1. Introduction ................................................................................................................19 2. Généralité sur le cancer ..........................................................................................19 2.1. Définition.............................................................................................................................20 2.1.1. Selon l’organisation mondiale de la Santé....................................................20 2.1.2. Selon Larousse médical.................................................................................20 2.2. Types de cancer...................................................................................................................20 2.2.1. Classification selon le type de tissu attaqué..................................................20 2.2.2. Classification selon l’organe touché..............................................................21 2.3. Cancer de la peau..........................................................................................................21 2.4. Traitement des cancers.......................................................................................................21 2.4.1. Chirurgie........................................................................................................22 2.4.2. Radiothérapie ................................................................................................22 2.4.3. L’hormonothérapie........................................................................................22 2.4.4. La chimiothérapie..........................................................................................22. 2.4.5. La thérapie ciblée..........................................................................................22 3. Les Récepteurs à activité Tyrosine Kinase (RTKs).........................................................................23 3.1. Généralités sur les RTKs.............................................................................................24 3.2. Structure des RTKs.......................................................................................................25 3.2.1. Le domaine extracellulaire............................................................................25 V 3.2.2 Le domaine transmembranaire........................................................................25 3.2.3 Le domaine intracellulaire...............................................................................26 3.3. Activation des RTKs.......................................................................................................26 3.4. La famille des récepteurs de facteur de croissance épidermique....................................27 3.5. L’activation du récepteur EGFR (ErbB).........................................................................28 3.5.1. EGFR(ErbB1)................................................................................................28 3.5.2. ErbB2........................................................................................................29 3.5.3. ErbB3........................................................................................................29 3.5.4. ErbB4........................................................................................................29 3.6. Les ligands des récepteurs EGFR...................................................................................30 3.7. Les inhibiteurs des récepteurs EGFR.............................................................................30 3.7.1. Le Gefitinib...............................................................................................31 3.7.2. Lapatinib...................................................................................................31 3.7.3. L’Erlotinib................................................................................................32 3.7.4. L’afatinib..................................................................................................32 3.7.5. Le PKI166.................................................................................................33 4. Conclusion......................................................................................................33 Référence bibliographique................................................................................................................34 CHAPITRE III Matériels et Méthodes 1. Introduction.......................................................................................................................39 2. Protocole générale.............................................................................................................................39 2.1. Matériels utilisé ...................................................................................................................40 2.1.1. Micro-ordinateur .....................................................................................40 2.1.2. Logiciels...................................................................................................40 2.2. Méthodes.............................................................................................................................40 2.2.1. Préparation des molécules............................................................................40 2.2.2. Préparation de récepteur................................................................................41 VI 2.2.2.1. Choix d’une structure cristallographique...........................................41 2.2.2.2. La résolution......................................................................................43 3. Conclusion........................................................................................................43 Référence bibliographique….......................................................................................44 CHAPITRE VI Résultats et Discussion 1. Introduction...........................................................................................................................46 2. Résultats énergétiques de docking moléculaire........................................................................47 2.1. Les énergies d’interactions des inhibiteurs ........................................................................47 2.2. Etude des interactions enzyme-ligand (1M17- Erlotinib) .................................................52 3. Conclusion.........................................................................................................................67 Référence bibliographique..................................................................................................................68 Conclusion générale..............................................................................................................69 Résumé Annexes 1 Annexes 2 |
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| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/469 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
