| Titre : | Conception in silico de nouveaux composés anticancéreux |
| Auteurs : | khadidja Makhloufi, Auteur ; Ikram Lazreg, Auteur ; Saida Khamouli , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2019 |
| Format : | 1 vol. (84p.): couv. ill. en coul / 29 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | criblage virtuel,dérivés de coumarine,docking moléculaire,kinase cycline dépendante CDK2,ADME/Tox |
| Résumé : |
Une étude de criblage virtuel dans les processus de recherche des nouvelles molécules bioactives basé sur le docking moléculaire de dérivés de coumarine dans le site actif de kinase cycline dépendante CDK2. L’étude par docking moléculaire sur un ensemble de vingt –trois dérivés de coumarine a été menée dans le but de comprendre le mode d’interaction de ces composés vis-à-vis de kinase cycline dépendante et de sélectionner ceux représentant une bonne affinité avec les résidus du site actif. Cette étude a été assistée par le programme Molegro Virtual Docker, ensuite concevoir in silico Par la filtration en faisant la prédiction de propriétés ADME/Tox peut être d'une importance soutien à l'identification de nouvelles molécules a visée thérapeutique. |
| Sommaire : |
sommaire i Liste des tableaux ……………………………………………………………………………. iii Liste des figures ……………………………………………………………………………… iv Liste des principales abréviations ……………………..……………………………………. 2 Introduction générale ……………..………………………………………………………… Chapitre I : Généralité sur cancer et les coumarines 6 1. Cancer ……………………….……………………………………………………….……… 6 1.1. Généralité …………………………………………………………………………….. 6 1.2. Définition ……………..……………………………………………………………… 7 1.3. Le différent type de cancer et différentes classifications …………….……………….. 7 1.4. Les étapes de la transformation cellulaire tumorale …………………………………..... 9 2. Cancer de sein ……………………………………………………….……………………… 9 2.1. Définition …………………….………………………………………………………… 10 2.2. Les type de cancer du sein ……….…………………………………………………….. 11 2.3. Les facteurs de risque de cancer du sein …………….………………………………… 12 2.4. Le diagnostic ……………..…………………………………………………………….. 12 2.5. Traitements ……………….……………………………………………………………. 15 3. Récepteur CDK ……………………………………………………………………………... 15 3.1. Introduction ……………………………………………………………………………. 15 3.2. Définition ……………………………………………………………………………… 16 3.3. Mécanisme d ’activité des CDK……………………………………………………….. 17 3.4. Inhibiteur de CDK ……………………………………………………………………... 17 3.5. La famille de CDK …………………………………………………………………… 18 3.6. Applications thérapeutiques potentielles des inhibiteurs de CDK ……………………. 18 4 . Coumarines………………………………………………………………………………….. 18 4.1. Définition ……………………………………………………………………………… 19 4.2. Les différentes méthodes de synthèses des coumarines ………………………………. 19 4.3. Propriétés physico chimique ………………………………………………………….. 19 4.4. Activités thérapeutiques des coumarines ……………………………………………... 21 Références bibliographiques ………………………………………………………………… Chapitre II : Méthodes de criblage virtuel in silico 25 1. Drug discovery ……………………………………………………………………………… 25 1.1. Histoire de la découverte des médicaments ………………………………………….. 25 1.2. Choix d ’une cible thérapeutique……………………………………………………... 26 1.3. Identification de « hits » ……………………………………………………………… 26 1.4. Génération et optimisation de « leads » ……………………………………………… 27 1.5. Test précliniques ……………………………………………………………………... 27 1.6. Test cliniques ………………………………………………………………………….. 28 2. Méthodes de criblage virtuel in silico ………………………………………………………. 29 2.1. Criblage virtuel « ligand-based » ……………………………………………………... 30 2.2. Criblage virtuel « structure-based » …………………………………………………... 30 3. Le docking ou l ’amarrage moléculaire……………………………………………………… 32 3.1. Programmes de docking les plus cites ………………………………………………… 32 3.2. Type de docking moléculaires ………………………………………………………… 32 3.2.1. Docking rigide …………………………………………………………………… 33 3.2.2. Docking flexible …………………………………………………………………. 33 3.2.3. Docking semi flexible …………………………………………………………… 33 3.3. Le processus de scoring ……………………………………………………………….. 34 3.3.1. Familles de fonctions de score …………………………………………………… 34 3.3.1.1. Fonctions de score empirique ……………………………………………… 34 3.3.1.2. Les fonctions de type knowledge-based ……………………………………. 34 3.4. Algorithmes de recherche ………………………………………………………………. 35 3.4.1. Algorithme systématique ………………………………………………………….. 35 3.4.2. La algorithme stochastique ………………………………………………………... 36 3.5. Les interactions protéine-ligand ………………………………………………………… 36 3.5.1. Les différentes interactions ……………………………………………………….. 38 4. Filtrage par ADME –TOX………………………………………………………………….. 40 Références bibliographiques …………………………………………………………………... Chapitre III : Résultat et Discussion 45 1. Introduction ……………………………………………………………………………….. 46 2. Première Partie : Docking moléculaires ………………………………………………… 47 2.1. Méthodologie des calculs ……………………………………………………………...... 47 2.1.1. Préparation de l ’enzyme………………………………………………………...… 47 2.1.2. Préparation des ligands ……………………………………………………………. 50 2.2. Résultats de docking moléculaire ……………………………………………………….. 50 2.2.1. Détection des cavités dans l ’enzyme CDK2……………………………………... 51 2.2.2. Énergie d ’interaction……………………………………………………………... 61 3. Deuxième partie : Filtration par ADME /TOX ……………………………………………... 61 3.1. Drug-likeness Prédiction ……………………………………………………………….. 61 3.1.1. La règle de Lipinski ……………………………………………………………….. 63 3.1.2. Les règle de Veber ………………………………………………………………… 64 3.2. ADME Prédiction (absorption, distribution, métabolisme, l'excrétion, et de toxicité) … 64 3.3. Bio activité score ……………………………………………………………………… 69 Références bibliographiques …………………………………………………………………... |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/384 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
