| Titre : | Etude par docking moléculaire Les interactions enzyme-substrat |
| Auteurs : | Hadjer Cheriet, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Année de publication : | 2015 |
| Format : | 26Cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Mots clé : Modélisation Moléculaire,Docking Moléculaire,Acétylcholinestérase,interaction,Alzheimer. |
| Résumé : |
Le but de ce travail est d’étudier l’inhibition de l’enzyme Acétylcholinestérase qui est la cause principale de la maladie d’Alzheimer et les ligands destinés au traitement de cette maladie, par méthodes de modélisation moléculaire (Mécanique Moléculaire et Docking Moléculaire), d’abord, nous avons présenté les différentes théories de modélisation les plus utilisées, en suite, on a fait un petit rappel sur les protéines, les enzymes, les acides aminés et les différents types d’interactions, pour en fin réalisée notre étude concernant les interactions entre l’enzyme et les ligands par le Docking moléculaire pour identifier les ligands qui ont la meilleure inhibition. Les ligands L3, L4 possèdent la meilleure inhibition de l’enzyme 4EY7, et par la suite se sont probablement les meilleurs inhibiteurs. |
| Sommaire : |
Remerciements……………………………………………………………………..……....i Liste des Figures ………………………………………………………………………….ii Liste des Tableaux. …………………………………………………………………..….iii Liste des abréviations ………………………………………………..................………iv roduction Générale Références……………………………………………………………………………….....5 Chapitre I : Modélisation Moléculaire I. Introduction....................................................................................................................6 II. Méthodes de la Modélisation moléculaire …………………………...….…….6 II.1. Méthodes Quantiques……………………………………………………...….7 II.1.1. Méthodes semi-empiriques………………………………………………..…..8 II.1.2. Méthodes ab-initio (H.F.R)………………………………………………..….8 II.1.3. La théorie fonctionnelle de la densité (DFT)……………………………..…..10 II.2. Méthodes Non Quantiques (Empiriques)…………………………………......10 II.2.1. Huckel Simple et Etendue………………………………………………...…10 II.2.2. Mécanique Moléculaire (MM)………………………………………………..11 II.2.3. Dynamique Moléculaire (DM)………………………………………………..13 II.2.3.1. Principe …………………………………………………………………….14 II.2.3.2. Les étapes de la DM ……………………………………………………….14 II.2.4. Docking Moléculaire ou l’Amarrage moléculaire (AM)……………………...15 .II.2.4.1. Outils du Docking Moléculaire…………………………………………….16 II.2.4.2. Principe ……………………………………………………………………..16 a. Approche combinatoire………………………………………………………….17 b. Approche stochastique ………………………………………………………… 17 c. Approche déterministe………………………………………………………… .17 III. Références ……………………………………………………………………19 Chapitre II : Les protéines, enzymes et les acides aminés I. Les protéines ………………………………………………………………………..23 II. Les enzymes ……………………………………………………………………….24 II.1. Classification et nomenclature …………………………………………………25 II.1.1. Classification …………………………………………………………………25 II.1.2. Nomenclatures ………………………………………………………………..26 II.2. Différentes types d’interactions ………………………………………………..26 II.2.1. Interactions de Van der Waals………………………………………………...26 II.2.2. Interactions électrostatiques…………………………………………………...27 II.2.3. Interactions additionnelles……………………………………………………..28 II.3. Différentes types cinétiques d’inhibiteurs d’enzymes ………………………..29 II.3.1. Inhibiteurs réversibles …………………………………………………………29 II.2.2. Inhibiteurs irréversibles ………………………………………………………29 III. Les acides aminés …………………………………………………………………..29 IV. Maladie d’Alzheimer ………………………………………………………………32 IV.1. Types d’enzymes cholinestérasiques ………………………………………..33 IV.1.1. Acétylcholinestérase …………………………………………………………33 IV.1.2. Butyrylcholinestérase………………………………………………………...34 V. Références ……………………………………………………………………………...35 Chapitre III : Résultats et Discussion I. Introduction……………………………………………………………………………..37 II. Protocole de calcul à suivre……………………………………………………..38 II.1. Préparation et optimisation du modèle …………………………………………39 II.2. Préparation et optimisation des ligands (Inhibiteurs) …………………………40 III. Docking moléculaire………………………………………………………………..45 III.1. Etapes du Docking Moléculaire ………………………………………………..45 III.1.1. Principes………………………………………………………………………45 III.1.2. Structure de la macromolécule (enzyme) …………………………………….45 III.1.2.1. sources………………………………………………………………………45 III.1.2.2. traitement de la structure 3D du récepteur …………………………………45 II.1.3. Structure du ligand……………………………………………………………..46 III.3. Résultats du Docking moléculaire……………………………………………...47 III.3.1. Interaction : AChE-Ligands………………………………………………….47 III.3.2. Energie d’interaction………………………………………………………….49 IV. Références…………………………………………………………………………….56 Conclusion Générale Conclusion Générale……………………………………………………………… |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/180 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
