| Titre : | Pré-traitement de données de biopuces et la sélection de gènes par une approche bio-inspirée |
| Auteurs : | Aymen Takie Eddine Selmi, Auteur ; Leila Djerou, Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2018 |
| Format : | 1 vol. (73 p.) / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Méta heuristiques,optimisation combinatoire,bio-informatique,micro réseau d’ADN,sélection des gènes,approches bio-inspirées. |
| Résumé : |
Le diagnostic médical est un élément très important dans le domaine de reconnaissance et traitement des maladies. La biopuce (puce à Adn) est l’une des techniques modernes qui nous aide à faire le diagnostic. Elle permet d’étudier simultanément le niveau d’expression de plusieurs milliers de gènes ou groupe de gènes dans des conditions différentes (physiologique ou pathologique). Les données issues des biopuces sont obtenues à partir d’un protocole complexe où plusieurs étapes peuvent introduire du bruit dans les données. De plus ces données sont décrites par des milliers d’attributs (gènes). Afin d’appliquer efficacement les techniques d’analyse ou de classification des gènes, il est nécessaire de réduire la dimension des données en sélectionnant des sous-ensembles de gènes les plus intéressants qui garantissent une bonne performance en classification. Ce travail sert à exploiter les possibilités offertes par les approches bio-inspirées pour le pré-traitement des données issus des biopuces et la sélection des gènes. |
| Sommaire : |
Introduction générale 2 1 BIO-INFORMATIQUE ET PUCES A ADN 4 1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2 Bio-informatique et génomique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2.1 La bio-informatique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2.2 La génomique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.3 Puce à ADN (DNA Microarray) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 1.3.1 Définition et principe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 1.3.2 Origines de la technique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 1.3.3 Phases d’analyse par puce à ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 1.3.4 Types des puces à ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 1.3.5 Domaines d’application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 1.3.6 Banques des données génomiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 1.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 2 SELECTION D’ATTRIBUTS 19 2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 2.2 La sélection d’attributs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 2.2.1 Définition de sélection d’attributs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 2.2.2 Processus de sélection d’attributs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 2.3 Sélection d’attributs pour les puces à ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 2.3.1 Motivations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 2.3.2 Travaux existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 2.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 3 PROGRAMMATION GENETIQUE MULTI-GENE ET CONCEPTION 32 3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 3.2 Programmation génétique multi-gène (MGGP) . . . . . . . . . . . . . . . . 32 3.2.1 Programmation génétique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 3.2.2 Régression symbolique multi-gène . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 3.2.3 Programmation Génétique multi-gène (MGGP) . . . . . . . . . . . 38 3.3 Conception . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 3.3.1 Conception globale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 3.3.2 Conception détaillée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 3.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 4 IMPLEMENTATION 48 4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 4.2 Environnement et outils de développement . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 4.2.1 Environnement de développement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 4.2.2 Outils utilisés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 4.3 Système de sélection des gènes proposé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.3.1 Ensemble des données utilisées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.3.2 Prétraitement des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 4.3.3 Sélection des gènes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 4.3.4 Visualisation des résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 4.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 5 EXPEREMENTATION ET RESULTATS 60 5.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 5.2 Expérimentations et résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 5.2.1 Détermination des meilleurs Paramètres . . . . . . . . . . . . . . . 60 5.2.2 Analyse des résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 5.2.3 Evaluation des résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 5.2.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MINF/383 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
