| Titre : | Alignement multiple de séquences selon le paradigme d'optimisation multi-objectif |
| Auteurs : | Safia Benlagha, Auteur ; Leila Djerou, Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2017 |
| Format : | 1 vol. (99 p.) / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Optimisation multi-objectif,Bio-informatique,Alignement de séquences multiples,Algorithme de feux d'artifice « fireworks »,Dominance de Pareto. |
| Résumé : |
Dans ce travail de master, nous nous intéressons au problème d'alignement multiple de séquences (MSA) qui est très connu en bio-informatique. Nous reformulons ce problème comme étant un problème d'optimisation multi-objectif où plusieurs fonctions sont utilisées simultanément pour évaluer les séquences d'alignements. Nous proposons une nouvelle technique d'optimisation multi-objectif (Multi-objectif Fireworks Alignment) basée sur l'algorithme de feux d'artifice ( Fireworks algorithm)et le concept de Pareto qui est inspiré de l'algorithme Non dominated Sorting Genetic Algorithm 2 (NSGA-2). Des expérimentations sont faites pour valider notre travail. Les résultats obtenus sont prometteurs et soulignent la contribution de l'optimisation multi-objectifs,par feux d'artifice, pour la résolution du problème du MSA |
| Sommaire : |
Introduction générale 1.1 Introduction I.2La bio-informatique I.3Les motivations de la bio-informatique I.4La Biologie Moléculaire pour un bio-informaticien 1.4.1Cellule I.4.2Les chromosomes I.4.3L'ADN (Acide Désoxyribonucléique) 1.4.4L'ARN I.4.6Gène et génome 1.4.7Les modifications de chromosomes I.4.8Homologie et similitude des gènes I.4.9Les Banques de Données Biologiques 1.5 Les grands thèmes de la bio-informatique 1.5.1Analyse des séquences I.5.2Recherche d'un motif dans une séquence I.5.3Phylogénie 13 1.5.4Comparaison des séquences I.5.4comparaison des séquences I.5.5L'alignement de séquences I.6L'alignement de séquences I.6.1 L'alignement de paires de séquences I.6.2Les méthodes utilisées dans l'alignement de paires de séquences I.6.3L'alignement de multiples de séquences I.6.4Les Fonctions objectifs d'un alignement multiple 1.6.5Les Approches d'Alignements Multiple de Séquences I.6.6Evaluation des algorithmes d'alignement (Benchmarks) 1.7Conclusion 11.1 Introduction I 1.2L'Optimisation Multi-Objectif II.2.1Formulation Mathématique I I.2.2La Convexité d'un Espace de Recherche I I.2.3La Dominance au sens Pareto I 1.2.4Les Points particuliers I I.2.5Front Pareto Optimal I I.2.6La Structure du Front Pareto I I.2.7Approches de résolution de problème Multi-objectif I I.3 Les méta-heuristiques à base de population I I.4NSGA-II 1 I.5Algorithme des Feux d'artifice (Fireworks) mono-objectif I I.5.1 Opérateur d'explosion 44 1 I.5.2Operateur de mutation I I.5.3Règle de mappage 47 1 I.5.4Stratégie de sélection I I.5.5Caractéristiques et avantages de FWA I 1.6Conclusion 111.1 Introduction III.2L'architecture du système en général III.3.1Les individus de la population III.3.2La population initiale I11.3.3La population secondaire III.3.4La taille de la Population III.3.5Les fonctions objectif 111.3.6Évaluation des Individus III.3.7Explosion I11.3.8L'opérateur de mutation 111.3.9La règle de mappage 111.3.10Stratégie de sélection 111.3.11 Critère d'arrêt III.4Conclusion IV. I Introduction IV.2Environnement de travail IV.3Implémentation de la méthode MOFWA lignment IV.4Conclusion Conclusion générale |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MINF/270 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
