| Titre : | Etude QSAR basée sur la DFT conceptuelle des propriétés antiprolifératives de certains dérivés de 2- iminothiazolidin-4-one |
| Auteurs : | Salah Eddine Refrafi , Auteur ; Youcef Boumedjane, Directeur de thèse |
| Type de document : | Mémoire magistere |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2018 |
| Format : | 1 vol. (56 p.) / ill.couv.ill.en coul / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | 2-iminothiazolidine-4-one,Effet de solvant,DFT,QSAR,MLR. |
| Résumé : |
Le présent travail comporte une recherche fondamentale sur la molécule de 2-iminothiazolidine-4-one dont le but est de prédire l’effet de solvant sur la réactivité chimique et l'activité biologique des dérivés de 2-iminothiazolidine-4-one. Des concepts chimiques et des indices de réactivité dérivant de la théorie de la fonctionnelle de densité (DFT/B3LYP/6311++G(d,p)) ont été utilisé pour prédire les sites réactifs des systèmes moléculaires étudiés dans les deux phases, gazeuse et aqueuse. Une étude QSAR a été effectuée sur 18 dérivés de 2-iminothiazolidine-4-one contre les cellules de cancer du poumon A549 et H460 dans la phase aqueuse. La régression linéaire multiple (MLR) a été utilisée pour quantifier les relations entre les descripteurs moléculaires et l'activité antiprolifératives des dérivés de 2-iminothiazolidine-4-one. Le pouvoir prédictif des modèles obtenus a été confirmé par la méthode de validation croisée LOO. Une forte corrélation a été observée entre les valeurs expérimentales et prédites des activités biologiques, ce qui indique la validité et la qualité des modèles QSAR obtenus. |
| Sommaire : |
Liste de figures ...................................................... iii Liste de tableaux ...................................................................... iv Liste des abréviations ............................................................................................. viii Introduction général ……………..……………………………………………………………….…. 1 Chapitre I : les méthodes de la chimie quantique I.1. Généralités sur les méthodes de la chimie quantique……………………………………………. 4 I.1.1. Equation de Schrödinger et historique de la chimie quantique………………...……………. 4 I.1.2. L’approximation Born-Oppenheimer………………………………………………………... 5 I.1.3. L’Approximation de hartree-fock……...…...………………………………………………... 5 I.2. La relation entre la chimie et l’informatique…………………………………………………….. 6 I.3. Théorie de la fonctionnelle de la densité(DFT)………….………………………………………. 7 I.3.1. Fondement de la théorie DFT………………..……………………………………………… 7 I.3.1.1. 1er théorème de Hohenberg et Kohn…………………………………………………... 7 I.3.1.2. 2éme théorème de Hohenberg et Kohn…..……………………………..………...……... 8 I.3.2. Méthode de Kohn et Sham………..…………………………………………………………. 8 I.3.3. Les différentes approximations………………………………...…………………………….. 9 I.3.3.1. Approximation de la densité locale LDA…………………………………………..….. 9 I.3.3.2. Approximation de la densité de spin locale LSDA………………………………… 10 I.3.3.3. Approximation du Gradient Généralisé (GGA)….………………………………..…. 10 I.4. Fonctionnelle hybride B3LYP…………...………………...………………………………… 11 I.5.Références Bibliographiques…………….............................………………………………… 12 Chapitre II : Approches théoriques des méthodes de calculs utilisées. II.1. Approches théoriques de la réactivité chimique…………………………………………...….. 13 II.1.1. Modèles de la réactivité chimique…………....…….………………..………………….... 13 II.1.1.1. Modèles empiriques……………………………………………………………….. 13 II.1.1.1.1. Principe HSAB (Hard and Soft Acids and Bases)……………………… 13 II.1.1.2. Modèles théoriques……………………………………………………………… 13 II.1.1.2.1. Modèle théorique basé sur la théorie des orbitales frontières…….………. 13 II.1.1.2.2. Modèle théorique basé sur la théorie de la fonctionnelle de la densité....….14 II.1.1.2.2.1. Descripteurs globaux……………………………………………..14 a- Le potentiel chimique (µ) et l’électronégativité (χ)……...………14 b- Dureté et mollesse chimiques……...……..………….…….…...14 c- Indice d’électrophilicité globale ….………………………....…. 15 II.1.1.2.2.2. Descripteurs locaux………………………………………………15 a- Fonction de Fukui……………...…………...…………………. 16 b- Mollesses locales………………………………………..…….. 16 c- Electrophilie locale………………………………………..…... 17 d- Nucléophilie locale…………………………………….……...... 17 II.2. Etude quantitative des relations structure-activité (QSAR)……….…………………………... 17 II.2.1. Introduction…………………………………………..…………………………………... 17 II.2.2. Principe des méthodes QSAR…………………………….……………………………… 18 II.2.3. Méthodologie générale d’une étude QSPR/QSAR………………………………………..19 II.2.4. Outils et techniques de QSAR…………...………………………………………………..19 II.2.4.1. Paramètres biologiques………….………………………………………………... 19 II.2.4.2. Descripteurs moléculaires……….………………………………………………… 20 II.2.4.2.1. Les descripteurs physico-chimiques……………………………………… 20 II.2.4.2.2. Les descripteurs électroniques……………………………………………. 20 II.2.4.2.3. Les descripteurs topologiques…………………………………………….. 20 II.2.5. Importance des descripteurs……………………………………………………………… 21 II.2.6. Les techniques de QSAR………………………………………………………….……… 21 II.3. Statistiques et analyse des données……………………………………………………………. 22 II.3.1. Introduction………….…………………………………………………………………… 22 II.3.2. Régression linéaire multiple (MLR)………………………………………………….…... 22 II.3.3. Estimation des paramètres statistiques du modèle………...……………………………… 23 II.3.4. Confiance accordée aux résultats…………………………………………………………. 24 II.3.5. Tests sur le modèle linéaire……………………………………………………………….. 24 II.3.6. Test de la signification globale de la régression (F-Fisher)………………………………. 24 II.3.7. Sélection des variables et choix du modèle……………………………………………….. 25 II.3.7.1. Critères de comparaison de modèle…………………………………..………….… 25 II.3.7.1.1. Limitation du coefficient de détermination R2……………………………. 25 II.3.7.1.2. Coefficient de détermination ajusté R2 ajusté……………………………….. 25 II.4.7.1.3. Critère de validation croisée : PRESS……………………………………... 26 II.3.8. Validation d’un modèle…………………………………………………………………... 26 II.4. Applications de l’étude QSAR………………………………………………………………… 26 II.5. Références Bibliographiques……………………………….………………………………….. 28 Chapitre III : Résultats et discussion III.1. Introduction………………………………………………………………………………….... 31 III.2. Définition de 2-iminothiazolidine-4-one……………………………………………………... 31 III.3. Cellules de cancer du poumon A549 et H460…………………………………………………. 32 III.4. Méthodologie de calcul……………………………………………………………………….. 32 III.5. Effet de solvant sur la structure de noyau de base de 2-iminothiazolidin-4-one………….….. 32 III.5.1. Effet de solvant sur les paramètres géométriques…………………………………….… 33 III.5.2. Effet de solvant sur les paramètres électroniques……………………………………… 35 III.6. Etude de réactivité chimique de 2-iminothiazolidin-4-one…………………………………… 36 III.6.1. Indices et descripteurs de réactivité…………………………………………………..... 36 III.6.1.1. Indices globaux de réactivité…………………………………………………... 36 III.6.1.2. Indices locaux de réactivité……………………………………………………. 37 III.7. Etude quantitative des relations structure-activité (QSAR) des propriétés antiprolifératives D’une série des dérivés de 2-iminothiazolidin-4-one…….....…….………………………….. 41 III.7.1. Méthodologie…………………………………….…………………………………..... 41 III.7.1.1. Données expérimentales……………………………………………………….. 41 III.7.1.2. Sélection des descripteurs et méthodes de calcul………………………………. 42 III.7.2. Développement des modèles QSAR………………………….………….…………… 44 III.7.3. Validation des modèles QSAR……………………………………………………….. 48 III.8. Références bibliographiques……..…...…………………………………………………… 52 Conclusion générale ….…..…………………………………………………………………….….. 54 Annexe……....................... 55 Chapitre II: Figure II. 1: Modèle d'étude quantitative des relations structure/activité (QSAR)………... 18 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/355 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
