| Titre : | Contribution à la modélisation des biomolécules et leurs interactions : Cas de l’Acétylcholinestérase et le Butyrylcholinestérase (AChE/BuChE)/ inhibiteurs. |
| Auteurs : | Hiba Naili, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2018 |
| Format : | 1 vol. (104p.) / 30 cm |
| Langues: | Anglais |
| Mots-clés: | AChE/ BuChE,Derivatives of diethyl [(2-phenylcarbamoyl) phenyl],Molecular Docking,score Energy,Interactions |
| Résumé : |
Molecular modeling is a modern technique in chemistry, biology and pharmaceuticals that make it possible to use different methods (quantum and non-quantum methods) to discover new drugs. Our work consists in studying the inhibition of two enzymes: AChE and BuChE that are involved in Alzheimer's disease by diethyl [(2-phenylcarbamoyl) phenyl] derivatives using the molecular docking technique.We are particularly based on two parameters: score energy and the distances of the hydrogen and steric bonds. The analysis of the results obtained shows that the ligands L13, L25 have a better inhibition in the case of AChE and L4, L2 in the case of BuChE, this allowed us to select them as probably the best inhibitors. |
| Sommaire : |
TABLE DES MATIERES INTRODUCTION GENERALE…………………………………………………...................................................1 Références………………………………………………..........4 CHAPITRE I : METHODES DE LA MODELISATION MOLECULAIRE. IIntroduction…………………………………………………………………………….............5 II-Méthodes de la Modélisation moléculaire …………………………………………...............6 II.1. Méthodes quantiques…………………………………………………………................6 II.1.1 Le principe du calcul d’une méthode quantique ……………………………...........7 II.1.1.1.Méthode ab-initio ……………………………………………………………7 II.1.1.2. Théorie de la Fonctionnel de la Densité (DFT) .........................8 II.2. Méthodes semi-empirique………………………………………………………………9 II.3. Méthodes non quantiques (empirique)………………………………………………....10 II.3.1. Hückel simple et étendue ……………………………………………...................11 II.3.2. Mécanique Moléculaire (MM) …………………………………………………...11 II.3.2.1.Champ de force…………....…………………………………………............12 II.3.2.2.Différentes energies……….………………………………………………….13 a.Energie entre atomes liés………………………………………………...14 b.Energie d’interaction entre atomes non liés……………………………….15 II.3.2.3 Différents champs de force en mécanique moléculaire………………............17 II.3.3. Dynamique Moléculaire…………………………………………………...............18 II.3.3.1. Introduction…………………………………………………………............18 II.3.3.2. Calcul de dynamique moléculaire…………………………………...............19 II.3.4. Docking Moléculaire ou l’Amarrage moléculaire (AM)………………………….19 II.3.4.1. Principe……………………………………………………………………...20 II.3.4.2. Représentation du système……………………………………………….....21 II.3.4.3. Quelques programmes de Docking moléculaire………………………………..23 III.Références……………………………………………………………………………….....24 CHAPITRE II : PARTIE (A) ET PARTIE (B) . Partie (A) : Protéines, Enzymes et Acides aminés........................................ II.Les protéines…………………………………………………………………………............32 II.1. Introduction…………………………………………………………………………....32 II.2. Définition……………………………………………………………………………....32 II.3. Structure des protéines…………………………………………………………............32 II.3.1. Les acides aminés ………………………………………………………..……...33 II.3.2. La liaison peptidique……………………………………………………. ……...33 II.3.3. 1. Structure primaire……………………………………………...............34 II.3.3. 2. Structure secondaire…………………………………………................35 a .Les hélices α ....................................................36 b.Les feuillets β…………………………………………………….....36 II.3.3.3. Structure tertiaire………………………………………….....37 II.3.3.4. Structure quaternaire et assemblage moléculaire………………………37 II.4. Fonctions de protéines…………………………………………………………............39 II.5. Rôles des protéines…………………………………………………………………….39 II.6. Propriétés des protéines ……………………………………………….........................40 II.6.1. Solubilité………………………………………………………………………....40 a.Force ionique de la solution…………………………………………................40 b.Le pH …………………………………………………………………..............40 c.Influence des solvants organiques………………………………………...........40 II.6.2. Propriétés optiques ……………………………………………………...............41 .6.3. Propriétés osmotiques …………………………………………………..............41 II.6.4. Propriétés d'ionisation ………………………………………………………….41 III. Les enzymes……………………………………………………………………………….41 III.1. introduction ……………………………………………………………….................41 III.2. Définition ………………………………………………………………...................42 III.3. Nomenclature ……………………………………………………………...............42 III.4. Classification des enzymes………………………………………………………...42 III.5. Notions de spécificité ……………………………………………………...............43 III.6. Le site actif…………………………………………………………........................43 III.7. Comment fonctionnement les enzymes…………………………….........................45 III.8. Complexe Enzyme-Substrat………………………………………………..............45 III.9. Inhibition enzymatique……………………………………………………..............46 III.10. Différentes types cinétiques d’inhibiteurs d’enzymes …………………………....46 III.10.1. Inhibiteurs réversibles ……………………………………………............47 III.10.2. Inhibiteurs irréversibles ………………………………………….............48 III.11. Nature des forces dans les associations Enzyme – Substrat……………………..48 IV .Acides aminés………………………………………………………………………...........49 IV.1. Introduction………………………………………………………………............49 IV.2. Définition…………………………………………………………………............49 IV.3. Classification des principaux acides aminés……………………………………...50 IV.3.1. Acides aminés non polaires………………………………………………...50 IV.3.2. Acides aminés polaires, non chargés……………………………………….50 IV.3.3. Acides aminés acides……………………………………………………….50 IV.3.4. Acides aminés basiques …………………………………………………...50 IV.4. Propriétés Physiques des AA……………………………………………....51 IV.4.1 Solubilité……………………………………………………………............51 IV.4.2 Absorption dans l'UV………………………………………………............51 IV.4.3 Pouvoir rotatoire……………………………………………………............51 IV.4.4 Propriétés d'ionisation………………………………………………...........51 Partie (B) : Maladie d’Alzheimer…………………………………………………….............52 V. Introduction…………………………………………………………………………............53 VI. Causes de la maladie d'Alzheimer………………………………………………….............54 VII . Les différents facteurs de risques de la MA………………………………………............55 VII.1 Les facteurs environnementaux…………………………………………..............56 VII.1.1 L’âge…………………………………………………………….............56 VII. 1.2 Le sexe………………………………………………………….............56 VII. 1.3 Le niveau d’éducation………………………………………….............56 VII.1.4 Les traumatismes crâniens……………………………………………...57 VII.1.5 Le tabagisme……………………………………………………............57 VII.2. Les facteurs vasculaires…………………………………………………............57 VII.3. Les facteurs nutritionnels………………………………………………………..57 VII.3.1 Les facteurs alimentaires………………………………………………57 VII.3.2 L’obésité………………………………………………………............58 VII.4 .Facteurs génétiques…………………………………………………………….58 VIII. Les symptômes ………………………………………………………………………..58 IX. Les lésions responsables de la maladie…………………………………..........................58 IX.1.Les plaques amyloïdes………………………………………………………….59 IX. 2 . Les dégénérescences neuro-fibrillaires………………………..........................59 X. Le diagnostic……………………………………………………………………………..60 XI Traitement ……………………………………………………………………………….60 XII.Référence………………………………………………………………………………..63 CHAPITRE III : RESULTAT ET DISCUSSION . I. Introduction…………………………………………………………………………............69 I.1. Préparation et optimisation du modèle………………………………………………….72 I.2. Préparation des inhibiteurs………………………………………………………...........73 II. Docking moléculaire …………………………………………………………………………77 II.1.Procédure d’un calcule de Docking Moléculaire ………………………………............78 II.1.1. Principes. ………………………………………………………………………...78 II.1.2. Structure de la macromolécule (enzyme) ………………………………............78 II.1.2.1. sources…………………………………………………………............78 II.1.2.2. Traitement de la structure 3D du récepteur …………………………...79 a.Site d'interaction………………………………………………………..79 b.Principe…………………………………………………………............79 III.Résultats et Discussion……………………………………………………………………..80 III.1. Structure du ligand……………………………………………………………..80 III.2. Interaction : Enzyme –Ligands…………………………………………............82 a.Interaction : AChE –Ligands…………………………………………..82 b.Interaction : BuChE –Ligands………………………………………….90 IV.Références…………………………………………………………………………............100 |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/348 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
