| Titre : | Etudes des diffrentes modes d'interaction entre protéines humaines tyrosine phosphatases (PTP1B) et une nouvelle classe des inhibiteurs:Approche de docking et ADME |
| Auteurs : | Garmia Sekkal, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2018 |
| Format : | 1 vol. (110 p.) / 30 cm |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | PTP1B,dérivés de thiadiazole amide,Docking Moléculaire,ADME,Affinité |
| Résumé : |
Le docking moléculaire est une technique permettant le positionnement d’un ligand dans le site actif de l’enzyme à travers des différentes types d’interactions non-covalentes (hydrogènes, Stériques, V.d.W….). Ces dernières permettent de rechercher les meilleures conformations (poses) du ligand au sein du site actif afin de provoquer une inhibition de la cible étudié, pour cela les différents outils de la modélisation moléculaire sont utilisés pour mener à bien ce travail : Mécanique Moléculaire, Semi-empirique, Docking Moléculaire et ADME. Nous sommes particulièrement basés sur trois paramètres : Énergie Mol Dock Score, les interactions non-covalentes (hydrogènes et stérique) ainsi que la règle de Lipinski. En fin, le but de notre étude est réalisé pour identifier des nouveaux ligands qui ont une meilleure inhibition. D’après les résultats obtenus, les ligands L20, L21 possèdent la meilleure inhibition de l’enzyme PTP1B, et par la suite ils seront probablement les meilleurs inhibiteurs. |
| Sommaire : |
Sommaire Dédicace Remerciement Liste des Figures Liste des Tableaux Liste des Abréviations Introduction générale CHAPITRE I : Méthodes de la modélisation moléculaire I.1. Introduction………………………………………… 6 I.2. Méthodes de la modélisation moléculaire……………………………………… 6 I.2.1. Méthodes Quantiques (MQ)…………………………………………………. 7 I.2.1.1. Méthodes ab-initio (Hartree-fock, Roothan)…………………………….. 8 I.2.1.2. La théorie de la fonctionnelle de densité (DFT) ………………………… 9 I.2.2. Méthodes Semi Empiriques…………………………………………………. 10 I.2.3. Méthodes non Quantiques…………………………………………………… 11 I.2.3.1.Mécanique moléculaire …………………………………………………. 11 a.Terme des atomes liés ………………………………………………………… 14 b.Energie d’interaction entre atomes non liés…………………………………… 15 c.Terme du champ de force……………………………………………………… 16 d. Différents champs de force en mécanique moléculaire……………………… 16 e. Minimisation de l’énergie stérique…………………………………………… 18 I.2.3.2. Dynamique moléculaire………………………………………………… 19 a. Calcul de dynamique moléculaire…………………………………………….. 20 b. Applications de DM…………………………………………………………... 20 I.2.3.3. Docking Moléculaire ou l’Amarrage moléculaire (AM)……………….. 21 a. Protocole Générale de Docking……………………………………………….. 22 b.Programmes de docking moléculaire…………………………………………... 24 I. 3.Définition d’ADME……………………………………………………………….. 25 I.3.1.La pharmacocinétique…………………………………………………………. 25 I.3.1.1.Absorption, Distribution, Métabolisme, Elimination (ADME)…………. 26 a) Absorption……………………………………………………………………… 26 I.4. Références…………………………………………………………………………. 29 CHAPITRE II : Partie (A) : Protéines, Enzyme et Acide aminé, Partie (B) : Maladie de diabète II.1.Introduction……………………………………………………………………… 36 II.2. Les protéines…………………………………………………………………….. 37 II.2.1. Définition des protéines……………………………………………………… 38 II.2.2. La liaison peptidique………………………………………………………… 38 II.2.3. Structure des protéines………………………………………………………. 39 II.2.3.1.Structure primaire………………………………………………………… 39 II.2.3.2. Structure secondaire……………………………………………………… 40 II.2.3.3. Structure tertiaire………………………………………………………… 41 II.2.3.4. Structure quaternaire…………………………………………………….. 41 II.2.4. Les fonctions des protéines………………………………………………….. 42 II.3. Les enzymes……………………………………………………………………… 43 II.3.1. Classification des enzymes…………………………………………………… 43 II.3.2. Nomenclature………………………………………………………………… 43 II.3.3. Notions de spécificité………………………………………………………… 44 II.3.4. Le Site Actif………………………………………………………………….. 44 II.3.5. Cofacteurs……………………………………………………………………. 45 II.3.6. Complexe Enzyme-Substrat (E-S)…………………………………………… 45 II.3.7. Inhibition Enzymatique……………………………………………………… 46 II.3.7.1. Les inhibiteurs réversibles………………………………………………... 46 a) Inhibition compétitive……………………………………………………….. 46 b) Inhibition incompétitive (ou anti compétitive)……………………………… 47 c) Inhibition non compétitive ou mixte…………………………………............ 47 II.3.7.2. Les inhibiteurs irréversibles……………………………………………… 48 II.3.8. Différentes types cinétiques d’inhibiteurs d’enzymes……………………….. 48 II.4. Les acides aminés………………………………………………………………... 48 II.4.1. Classification des principaux acides aminés (AA)…………………………… 50 II.4.1.1. Acides aminés non polaires………………………………………………. 50 b) Distribution…………………………………………………………………….. 27 c) Métabolisme……………………………………………………………………. 27 d) Elimination……………………………………………………………………... 27 II.4.1.2. Acides aminés polaires, non chargés…………………………………….. 50 II.5. Introduction……………………………………………………………………… 53 II.5.1. Le diabète……………………………………………………………………. 53 II.5.1.1. Diabète de type 1………………………………………………………… 54 II.5.1.2. Diabète gestationnel……………………………………………………… 55 II.5.1.3. Diabète de type 2 (90-95% des patients)………………………………… 56 II.5.1.4. Etiologie (causes) et immun pathologie du diabète de type 2…………… 57 a) Les facteurs génétiques………………………………………………………….. 58 b) Les facteurs environnementaux………………………………………………….. 58 a. L’obésité……………………………………………………………………….. 58 b. La sédentarité………………………………………........................................... 59 c) Immunologie………………………………………………………………........... 59 II.5.1.5. Conséquences…………………………………………………………….. 61 II.5.1.6 Traitement………………………………………………………………… 62 II.6.References…………………………………………………………………………. 64 CHAPITRE III : Résultat et discussion III.1. Introduction…………………………………………………………………….. 68 III.1.1.Préparation et optimisation du model……………………………………….. 70 III.I.2. Ligands (Inhibiteurs)………………………………………………………... 71 III.1.2.1. Préparation et optimisation des ligands (Inhibiteurs)………………….. 71 III.1.3. Propriétés ADME…………………………………………………………… 75 III.2. Docking moléculaire……………………………………………………………. 75 III.2.1. Etapes du Docking Moléculaire…………………………………………….. 76 III.2.1.1.Principes………………………………………………………………... 76 III.2.1.2. Structure de la macromolécule (enzyme)…………………………….. 78 III.2.1.3. Structure du ligand……………………………………………………. 78 III.3. Résultats et discussion………………………………………………………….. 79 III.3.1. Docking moléculaire……………………………………………………….. 79 a. Interaction : PTP1B et Ligands……………………………………………... 79 b. Energie d’interaction……………………………………………………….. 81 III.3.2. Propriétés ADME………………………………………………………….. 87 III.4.References………………………………………………………………………… 89 Annexes. |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/342 | Mémoire master | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
