| Titre : | Etude par Docking Moléculaire L'activité cytoxiques dérivés de B carboline |
| Auteurs : | Echwak Aidaoui, Auteur ; Daoud Ismail Daoud, Directeur de thèse |
| Type de document : | Mémoire magistere |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2017 |
| ISBN/ISSN/EAN : | MCH/293 |
| Format : | 1VOL.(125p) / ill.couv.ill.en coul / 30cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | HepG2, dérivés de β-carboline, Docking moléculaire, Score, Interactions |
| Résumé : |
La plupart des processus biologiques qui régissent les organismes vivants, le notre y compris, reposent sur des interactions entre protéines-substrat. Identifier et modéliser ces interactions permet de comprendre mais également d’agir sur le fonctionnement de ces organismes, et présente donc un enjeu de recherche primordial. Le docking moléculaire est la base de la reconnaissance moléculaire et du type d’interaction. A chaque protéine cible se révèle être la clé dans le design de nouveau médicament. Notre travail consiste à étudier l’inhibition de l’enzyme HepG2 par des dérivés de β-carboline impliqués dans la maladie de foie (hépatite), pour cela on a choisi deux programmes : Hyperchem.v8.1.8 et le logiciel MOE (Molecular Operating Environment). Au vu des résultats obtenus dans ce travail, et d’après l’analyse des énergies score et les distances entre les résidus de site actif et les inhibiteurs, nous pouvons sectionner probablement que le composé L40 considéré comme le meilleur inhibiteur |
| Sommaire : |
Remerciements Liste des Figures Liste des Tableaux. Liste des abréviations Introduction Générale Références………………………………………………………………………………........5 Chapitre I : Modélisation Moléculaire I. Introduction...........................................................................................................................6 II. Méthodes de la Modélisation moléculaire ..........................................................................7 II.1.Méthodes Quantiques……………….……………………………...……….....………7 II.1.1. Méthodes ab-initio (H.F.R) …………………………………..……….……….....8 II.1.2.La théoriefonctionnelle de la densité (DFT)………………………………………9 II.2. Méthodes semi empiriques.…………………………………………...…………….. ….10 II.3.MéthodesNon Quantiques (Empiriques)………………………………………..…….11 II.3.1. Mécanique Moléculaire (MM)…………………………………………………..12 II.3.1.1. Champ de force en mécanique moléculaire…………………………………...12 II.3.1.2. Terme des atomes liés…………………………………………………………13 II.3.1.3.Terme des atomes non liés…………………………………………………….15 II.3.2. Dynamique Moléculaire (DM)………………………………………………….17 II.3.2.1. Principes de la dynamique moléculaire……………………………………17 II.3.2.2. Applications de DM ………………………………………………………18 II.3.3. Docking Moléculaire ou l’Amarrage moléculaire (AM) ……………………….18 II.3.3.1. Principe ……………………………………………………………………19 II.3.3.2. Programmes de docking moléculaire ……………………………………..20 III. Références……………………………………. .……………………………………..….22 Chapitre II : Les protéines, enzymes et les acides aminés I. Introduction……………………………………………………………………………..26 II. Les protéines …………………………………………………………………………….26 II.1. définition………………………………………………………………………….…27 II. 2. Structure des protéines ……………………………………………………………..27 II.2.1. Structure primaire ………………………………………………………………28 II.2.2. Structure secondaire ……………………………………………………………29 II.2.3. Structure tertiaire ………………………………………………………………30 II.2.4. Structure quaternaire…………………………………………………………….30 II.3 Les fonctions des protéines…………………………………………………………...31 II.3.3 Rôles des protéines……………………………………………………………...31 III. Les enzymes……………………………………………………………………………...32 III.1 Définition……………………………………………………………………………..32 III.2 Classification des enzymes…………………………………………………………...32 III.3 Nomenclature ………………………………………………………………………..33 III.4 Notions de spécificité ………………………………………………………………..34 III.4.1 Spécificité de substrat …………………………………………………………..34 III.4.2 Spécificité de réaction…………………………………………………………..34 III.5 Site actif………………………………………………………………………………34 III.6 Complexe Enzyme-Substrat………………………………………………………….35 III.7 Inhibition enzymatique……………………………………………………………….36 III.7.1 Différentes types cinétiques d’inhibiteurs d’enzymes………………………….37 III.8 Nature des forces dans les associations Enzyme – Substrat………………………….38 IV. Les acides aminés………………………………………………………………………...39 IV.1 Définition d’un Acides Aminés (AA)………………………………………………..39 IV.2. Structure des AA…………………………………………………………………… 39 IV.2.1. Formule générale………………………………………………………………39 IV.3. Classification………………………………………………………………………...40 IV.3.1. Aliphatique……………………………………………………………………..40 IV.3.2. cyclique………………………………………………………………………...40 IV.3.3. Polaires…………………………………………………………………………40 IV.3.4. Non polaire…………………………………………………………………….41 IV.4. Les acides aminés essentiels………………………………………………………...41 IV.5.Propriétés Physiques des AA………………………………………………………...42 IV.5.1 Solubilité………………………………………………………………………..42 IV.5.2 Absorption dans l'UV………………………………………………………….42 IV.5.3 Pouvoir rotatoire………………………………………………………………...42 IV.5.4 Propriétés d'ionisation ………………………………………………………….42 V. Généralité sur les cancers………………………………………………………………….43 V.1. Qu’est-ce qu’un cancer……………………………………………………………….43 V.1.1. Apparition d’un cancer………………………………………………………….43 V.1.2. Types de cancers………………………………………………………………...44 V.1.3. Caractéristique d’une cellule cancéreuse………………………………………..44 V.1.4. Quelque chiffre clés…………………………………………………………….45 V.2. Foie…………………………………………………………………………………..46 V.2.1 Fonction du foie …………………………………………………………………46 V.2.2. Les fonctions de détoxication du foie………………………………………….47 V.2.3. cancer du foie……………………………………………………………………47 V.2.4. La recherche sur les cancers du foie…………………………………………….48 V.3. Présentation de HepG2……………………………………………………………….48 V.3.1. Historique……………………………………………………………………….49 V.3.2. Aspects génétique et structuraux………………………………………………..49 VI. Référence…………………………………………………………………………………51 Chapitre III : Résultats et Discussion I. Introduction………………………………………………………………………………55 I.1. Préparation et optimisation du modèle……………………………………………….57 I.1.1. Détermination du site actif des enzymes……………………………………….58 I.1.2. L’optimisation des enzymes……………………………………………………..58 I.2. Préparation et optimisation des ligands (Inhibiteurs)………………………………58 II. Docking moléculaire……………………………………………………………………..64 III. Résultats du Docking moléculaire……………………………………………………….67 III.1. Interaction : HepG2-Ligands……………………………………………………….67 III.2. Résultats et discussion des énergies………………………………………………..68 III.2.1. Résultats………………………………………………………………………68 III.2.2. Discussion………………………………………………………………………69 III.3. Résultats et discussion des distances………………………………………………...70 III.3.1. Etude des interactions des inhibiteurs et 2IOK……………………………… 70 IV. Conclusion………………………………………………………………………………77 V. Référence………………………………………………………………………………...78 Conclusion générale Conclusion générale ………………………………………………………………………….81 Annexe Résume |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/293 | Mémoire | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
