| Titre : | Etude par docking moléculaire de nouveaux dérivés i pliqués dans les maladies neurodénératives |
| Auteurs : | Ouamane Oumaima Ouamane, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Type de document : | Monographie imprimée |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2017 |
| ISBN/ISSN/EAN : | MCH/275 |
| Format : | 1VOL.(58p) / ill.couv.ill.en coul / 30cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Résumé : |
Le docking moléculaire est une technique de reconnaissance moléculaire, permettant la fixation d’une petite molécule appelé ligand dans le site actif de l’enzyme avec des différentes interactions non-liées (Hydrogènes, Hydrophobe, Stérique, V.d.W….ect). Il se révèle être la clé dans le design de nouveaux médicaments. Dans notre travail, nous nous sommes focalisés sur l’inhibition de l’acétylcholinestérase en tant qu’enzyme impliquée dans la maladie d’ d'Alzheimer par des dérives de 4 [(diethylamino) methyl]-phenol. Les différents outils de la modélisation moléculaire sont utilisés pour mener à bien ce travail. Nous sommes particulièrement basés sur deux paramètres : Énergie Moldock Score et les distances des liaisons hydrogènes. En fin, notre étude est réalisée pour identifier des nouveaux ligands qui ont une meilleure inhibition. D’après les résultats obtenus, les ligands L23 , L26, L35, L36 possèdent la meilleure inhibition de l’enzyme AChE, et par la suite ils seront probablement les meilleurs inhibiteurs. Mots-clés : Acétylcholinestérase, dérives de 4-[(diethylamino) methyl]-phenol, Docking |
| Sommaire : |
Introduction Générale ……………………………………………………………………….1 Références………………………………………………………………………………....3 Chapitre I : Méthodes de la modélisation moléculaire I. Introduction.........................................................................................................................4 II. Méthodes de la Modélisation moléculaire………………………………………………..5 II.1. Méthodes quantiques………………………………………………………………..5 II.1.1. Le principe du calcul d’une méthode quantique ……………………………..6 II.1.1.1. Méthode Ab-initio………………………………………………………………..6 II.1.1.2. La Théorie de la Fonctionnel de la Densité (DFT) ……………………….7 II.2. Méthodes semi-empirique…………………………………………………………...8 II.3. Méthodes non quantiques (empirique)………………………………………………9 II.3.1. Hückel simple et étendue ……………………………………………………...9 II.3.2 Mécanique Moléculaire (MM)…………………………………………………10 II.3.2.1. Champ de force …………………………………………………………..11 II.3.2.3. Champs de forces usuelles………………………………………………...13 II.3.3. Dynamique Moléculaire………………………………………………………...14 II.3.3.1. Principe de la DM ………………………………………………………..15 II.3.4. Docking moléculaire…………………………………………………………...16 II.3.4.1. Principe……………………………………………………………………16 II.3.4.2. Représentation du système ……………………………………………….17 III.Références………………………………………………………………………………..18 Chapitre II : Les protéines, enzymes et les acides aminés, la maladie Partie I: les protéines, enzymes et les acides aminés……………………….24 I. Introduction……………………………………………………………………………….24 II. Les protéines……………………………………………………………….25 II.1. Définition ……………………………………………………………………………25 II.2. La liaison peptidique…………………………………………………………………25 II.3. Structure générale des protéines……………………………………………………..25 II.3.1. Structure primaire………………………………………………………………26 II.3.2. Structure secondaire…………………………………………………………….26 II.3.2.1. Hélices α ………………………………………………………………….27 II.3.2.2. Feuillets β …………………………………………………………………27 II.3.3. La structure tertiaire…………………………………………………………….28 II.3.4.Structure quaternaire et assemblage moléculaire………………………………...29 II.4. Fonctions des protéines ……………………………………………………………..30 III. Les enzymes……………………………………………………………….31 III.1. Définition …………………………………………………………………………..31 III.2. Nomenclature et la classification des enzymes……………………………………..31 III.3. Notion de spécificité………………………………………………………………..32 III.4. Le site actif………………………………………………………………………….32 III.5.Comment fonctionnement les enzymes ……………………………………………..33 III.6. Complexe enzyme – substrat ………………………………………………………35 III.7. Inhibition enzymatique……………………………………………………………...36 III.8.Différentes types cinétiques d’inhibiteurs d’enzymes……………………………….36 III.8.1. Les inhibiteurs réversibles ……………………………………………………37 III.8.1.1. Inhibition compétitive ……………………………………………………37 III.8.1.2. Inhibition incompétitive (ou anticompétitive)………………………….....37 III.8.1.3. Inhibition non compétitive ou mixte ……………………………………..37 III.8.2.Inhibition irréversible…………………………………………………………...38 III.9. Nature des interactions substrat-enzyme …………………………………………..38 IV. Les acides aminés………………………………………………………………………...38 IV.1. Définition des acides aminés………………………………………………………..38 IV.2. Classification des acides aminés ……………………………………………………39 IV.2.1. Polaires chargés ………………………………………………………………..40 IV.2.2. Polaires non chargés ………………………………………………………… 40 IV.2.3. Non polaires ………………………………………………………………… 41 IV.2.4. Les acides aminés aux propriétés particulières ……………………………….41 Partie II : Maladie d’Alzheimer ……………………………………………………………..42 I. Historique………………………………………………………………………………… 42 II. Définition………………………………………………………………………………… 43 III. Acétylcholinestérase……………………………………………………………………. 43 III.1. Acétylcholinestérase ou cholinestérase globulaire ou encore ……………………... 44 Cholinestérase vraie III.2. Butyrylcholinesterase ou cholinestérase sérique ou pseudo-cholinestérase…………44 IV. Inhibiteurs de l’acétylcholinestérase…………………………………………………… 45 V. Références……………………………………………………………………………… 46 I. Introduction………………………………………………………………………………..51 I.1. Préparation du récepteur………………………………………………………………53 I.2. Préparation des inhibiteurs…………………………………………………………….54 II. Docking moléculaire………………………………………………………………………59 II.1. Etapes du Docking Moléculaire ……………………………………………………..59 II.1.1. Principes ………………………………………………………………………..59 II.1.2. Structure de la macromolécule (enzyme) ………………………………………60 II.1.2.1. sources……………………………………………………………………..60 II.1.2.2. Traitement de la structure 3D du récepteur ……………………………….60 II.1.3. Structure du ligand…………………………………………………..... 61 III. Résultats et discussion………………………………………………………………… 62 III.1. Interaction : 1EVE et Ligands……………………………………………………… 62 III.2. Energies d’interactions…………………………………………………………… 65 IV. Références………………………………………………………………………………..71 Conclusion Générale Conclusion Générale……………………………………………………………………..73 Annexes……………………………………………………………………………………….75 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/275 | Mémoire | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
