| Titre : | élucider les interactions d'une nouvelle classe des inhibiteurs avec l'enzyme d'une maladie inflammatoire |
| Auteurs : | Ellek Sabrina Ellek, Auteur ; Ismail Daoud , Directeur de thèse |
| Editeur : | Biskra [Algérie] : Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Mohamed Khider, 2017 |
| ISBN/ISSN/EAN : | MCH/273 |
| Format : | 1VOL.(58p) / ill.couv.ill.en coul / 30cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Mots-clés: | Interleukine-5 (IL-5), Dérives des Chalcones, Docking moléculaire, Energie Score, Interactions. |
| Résumé : |
La méthode de docking moléculaire débute par une fragmentation préalable du ligand. L'assemblage des fragments obtenus permet de rechercher les meilleures conformations du ligand dans le site actif de l'enzyme, avec des différentes interactions non-liées (hydrogènes, V.d.W….), pour peuvent provoquer des inhibitions au niveau de ce site actif. Notre travail consiste à étudier l’inhibition de l’enzyme d’Interleukine-5 qui est la cause principale de la maladie inflammatoire (L’Asthme) par des dérives des Chalcones. Les différents outils de la modélisation moléculaire sont utilisés pour mener à bien ce travail (Mécanique Moléculaire, Dynamique Moléculaire et le Docking Moléculaire). Après le docking moléculaire (logiciel Chimera 1.8.1) nous sommes particulièrement basés sur deux paramètres : Énergie Score et les distances des liaisons hydrogènes. En fin, notre étude est réalisée pour identifier des nouveaux ligands qui ont une meilleure inhibition. D’après les résultats obtenus, le ligand L18 possèdent la meilleure inhibition de l’enzyme IL-5, et par la suite ils seront probablement les meilleurs inhibiteurs. |
| Sommaire : |
Liste des Figure ...………………………………………………………. I Liste des Tableaux ...…………………………………………………. III Liste des Abréviations ..………………………………………………. IV Introduction Générale Introduction générale …………………………………………………………………. 1 Références ……………………………………………………………………………... 3 Chapitre I : Les méthodes de la modélisation moléculaire I. Introduction ………………………………………………………………………….. 4 II. Méthodes de la modélisation moléculaire …………………………………………. 5 II.1. Méthodes quantiques ……………………………………………………… 5 II.1.1. Méthodes ab-initio (H-F-R) …………………………………………….. 6 II.1.2. Théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) ……………………….... 7 II.2. Méthodes semi-empiriques ……………………………………………….. 7 II.3. Méthodes non quantiques ………………………………………………… 9 II.3.1. Mécanique moléculaire ………………………………………………… 9 II.3.1.1. Principe de la MM …………………………………………………… 9 II.3.1.2. Terme des atomes liés ……………………………………………….. 11 II.3.1.3. Terme des atomes non liés …………………………………………… 12 II.3.1.4. Champ de force ………………………………………………………. 14 II.3II.3.1.6. Minimisation d'énergie ……………………………………………… 15 II.3.2. Dynamique moléculaire ……………………………………………….. 16 II.3.2.1. Principe ……………………………………………………………… 17 II.3.2.2. Applications de la dynamique moléculaire …………………………. 18 II.3.3. Docking moléculaire …………………………………………………... 18 II.3.3.1. Principe ……………………………………………………………… 19 a. Approche combinatoire ……………………………………………………. 19 b. Approche stochastique ……………………………………………………… 20 c. Approche déterministe ……………………………………………………… 20 II.3.3.2. Un programme de docking moléculaire …………………………….. 20 II.3.3.3. Un processus de Docking Moléculaire ………………………………. 21 III. Références ………………………………………………………………………. 22 Chapitre II : Les Protéines, Enzymes et les Acides aminés et la maladie Partie I I. Introduction ………………………………………………………………………... 26 II. Les protéines ……………………………………………………………………… 27 II.1. Introduction …………………………………………………………….... 27 II.2. Définition de protéines ………………………………………………. 27 II.3. Structure des protéines …………………………………………………... 28 II.3.1. Structure primaire …………………………………………………….. 28 II.3.2. Structure secondaire …………………………………………………… 28 a. Les hélices α ………………………………………………………………… 29 b. Les feuillets β ……………………………………………………………….. 29 II.3.3. Structure tertiaire ………………………………………………………. 30 .1.5. Différents champs de force en mécanique moléculaire ……………… 14 II.3.4. Structure quaternaire ………………………………………………….... 31 II.4. Les propriétés des protéines ………………………………………………. 32 II.4.1. Solubilité ………………………………………………………………... 32 II.4.2. Propriétés optiques ……………………………………………………… 32 II.4.3. Propriétés chimiques …………………………………………………… 32 II.5. Fonctions des protéines …………………………………………………… 32 III. Les enzymes …………………………………………………………………….... 33 III.1. Introduction et historique ………………………………………………… 33 III.2. Définition ………………………………………………………………… 33 III.3. Nomenclature ……………………………………………………………. 33 III.4. Classification des enzymes ……………………………………………… 34 III.5. Cinétique enzymatique ………………………………………………….. 34 III.6. Notions de spécificité ………………………………………………… 35 III.7. Site actif ………………………………………………………………….. 36 III.8. Cofacteurs ………………………………………………………………... 36 III.9. Le complexe Enzyme–Substrat (E-S) …………………………………… 37 III.10. Inhibition enzymatique ………………………………………………… 38 III.11. Différentes types cinétiques d’inhibiteurs d’enzymes ………………… 38 III.11.1. Inhibiteurs réversibles ……………………………………………….. 38 III.11.2. Inhibiteurs irréversibles ……………………………………………… 40 III.12. Nature des interactions E-S ……………………………………………. 40 IV. Acides aminés …………………………………………………………………… 41 IV.1. Introduction ……………………………………………………………… 41 IV.2. Définition ……… IV.2. Définition ………………………………………………………………… 41 IV.3. Classification des principaux acides aminés ……………………………... 43 IV.3.1. Acides aminés non polaires …………………………………………….. 43 IV.3.2. Acides aminés polaires, non chargés …………………………………… 43 IV.3.3. Acides aminés acides …………………………………………………… 44 IV.3.4. Acides aminés basiques ………………………………………………… 44 IV.4. Les propriétés (physique) des acides aminés …………………………….. 46 IV.4.1. Solubilité ……………………………………………………………….. 46 IV.4.2. Point de fusion …………………………………………………………. 46 IV.4.3. Absorption lumineuse dans l’ultraviolet ……………………………….. 46 IV.5. La liaison peptidique ……………………………………………………… 46 Partie II I. Historique ………………………………………………………………………….. 47 II. Définition ………………………………………………………………………… 47 II.1. Mécanismes inflammatoires ……………………………………………... 49 III. Enzyme de maladie (Asthme) …………………………………………………... 49 III.1. Définition d’Interleukine-5 …………………………………………….. 49 III.2. Travaux réalisés sur l’interleukine …………………………………… 50 IV. Références ………………………………………………………………………. 51 Chapitre III : Résultats et discussion I. Introduction ……………………………………………………………………….. 55 II. Protocole de travail ………………………………………………………………. 56 III. Préparation et optimisation du modèle …………………………………............. 57 IV. Préparation et optimisation des ligands (Inhibiteurs) …………………………... 59 V. Docking moléculaire …………………………………………………………….... 66 V.1. Etapes du Docking Moléculaire ………………………………………….. 67 V.1.1. Principes ………………………………………………………………... 67 V.1.2. Structure de la macromolécule (enzyme) ………………………………. 67 V.1.3. Structure du ligand …………………………………………………….. 68 V.2. Résultats du Docking moléculaire ………………………………………. 70 V.2.1. Interaction : IL-5 et Ligands…………………………………………… 70 V.2.2. Energie d’interaction …………………………………………………… 71 VI. Références ……………………………………………………………………….. 77 Conclusion Générale Conclusion générale ………………………………………………………………….. 78 ANNEX ……………………………………………………………….................... 80 |
| Type de document : | Mémoire master |
Disponibilité (1)
| Cote | Support | Localisation | Statut |
|---|---|---|---|
| MCH/273 | Mémoire | bibliothèque sciences exactes | Consultable |
