| Titre : | Contribution à l’étude de la prévalence des colibacilles (Escherichia coli) aviaires et de leurs influences sur les performances zootechniques |
| Auteurs : | ABERKANE Chahrazed, Auteur ; Ahmed MESSAÏ, Directeur de thèse |
| Type de document : | document multimédia |
| Editeur : | Biskra [Alger] : Département des scienes agronomiques, université de Biskra, 2023-2024 |
| Format : | 144 p. |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Avian Pathogenic Escherichia coli, Multirésistance aux antibiotiques, Poulet de chair, β-lactamase à spectre étendu (BLSE) |
| Résumé : |
L’intensification des élevages avicoles a été toujours accompagnée d’une multitude de
pathologies d’origine diverse. La colibacillose aviaire, causée par différentes souches d’Escherichia coli pathogènes d’origines aviaires (APEC), est parmi les maladies bactériennes les plus redoutables. Le présent travail a pour objectif d’étudier la prévalence de la colibacillose dans la région Est de l’Algérie à travers l’isolement des APEC à partir des carcasses de volailles et l’étude de leurs profil de sensibilité aux différents antibiotiques prescrits dans la lutte contre la colibacillose. 242 souches d’Escherichia coli (E. coli) ont été isolées en 2019 à 2021. Parmi les souches d’E.coli isolées : 99,53 % étaient résistantes à trois antibiotiques ; 100 % ont présenté une résistante à l’Ampicilline ; 99,58 % étaient résistantes aux Tétracycline et 94,10% étaient résistantes à l’Ofloxacine. Tous les isolats d’E.coli (100%) étaient sensibles à la Céftriaxone, la Céftazidime et l’Aztréonam. Deux souches productrices de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) ont également été isolées. Cinq souches isolées appartiennent aux sérotypes O1H16, 078H51, O6H16, O1H31 et O2H2. Les gènes de résistances tetA et blaTEM, et les gènes de virulences iroN, ireA, iss et cma sont présents chez tous les isolats. La colibacillose constitue encore une menace aux élevages avicoles, au moins dans la région d’étude. |
| Note de contenu : |
CHAPITRE I : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE I.1. Généralités sur Escherichia coli ……………………………………………………….03 I.1.1. Définition ………………………………………………………………………………03 I.1.2. Classification …………………………………………………………………………..03 I.1.3. Caractères morphologiques…………………………………………………………….04 I.1.4. Caractères culturaux …………………………………………………………………...04 I.1.5. Caractères biochimiques………………………………………………………………..04 I.1.6. Caractères antigéniques………………………………………………………………...05 I.1.6.1. Les antigènes somatiques O…………………………………………………………..05 I.1.6.2. Les antigènes flagellaires H…………………………………………………………..06 I.1.6.3. Les antigènes capsulaires K…………………………………………………………..06 I.1.6.4. Les antigènes de surface F……………………………………………………………06 I.1.7. Différents pathotypes d’E. coli…………………………………………………………07 I.1.7.1. E. coli Pathogènes intestinaux (InPEC)……………………………………………...07 I.1.7.1.1. E. coli entéropathogènes (EPEC)…………………………………………………..08 I.1.7.1.2. E. coli entérotoxinogènes (ETEC)………………………………………………….08 I.1.7.1.3. E. coli entéroinvasifs (EIEC)……………………………………………………….08 I.1.7.1.4. E.coli entérohémorragiques (EHEC)……………………………………………….09 I.1.7.1.5. E. coli entéroagrégatifs (ECEAg)…………………………………………………..09 I.1.7.1.6. E. coli à adhésion diffuse (ADEC)…………………………………………………09 I.1.7.2. Les E. coli Pathogènes extra-intestinaux (ExPEC)…………………………………..10 I.2. Les infection à APEC...............................................................................................……11 I.2.1. Avian pathogenic E.coli (APEC)……………………………………………………….11 I.2.2. Facteurs de virulence..………………………………………………………………….11 I.2.2.1. Adhésine……………………………………………………………………………...11 I.2.2.2. Résistance au sérum.....................................................................................................12 I. 2.2.3. Le système d’acquisition du fer……………………………………………………...12 1. 2.2.4. Toxines………………………………………………………………………………13 I.2.2.5. Invasines……………………………………………………………………………...13 I.2.2.6. Systèmes de sécrétion………………………………………………………………...14 I.2.3. Pathogénie………………………………………………………………………………15 I.2.4. Les infections à APEC………………………………………………………………….16 I.2.4.1. Omphalite / inflammation du sac vitellin…………………………………………….16 I.2.4.2. Colibacillose respiratoire……………………………………………………………..16 I.2.4.3. Colisepticémie………………………………………………………………………..17 I.2.4.4. Arthrites et synovites…………………………………………………………………17 I.2.4.5. Cellulite……………………………………………………………………………….17 I.2.4.6. Salpingite/Péritonite………………………………………………………………….18 I.2.4.7. Syndrome de la tête enflée (Swollen head syndrome, SHS)…………………………18 I.2.4.8. Coligranulome (maladie de Hjarre)…………………………………………………..18 I.3. Antibiotiques/ Antibiorésistance……………………………………………………….18 I.3.1. Antibiotiques……………………………………………………………………………18 I.3.1.1. Usage des antibiotiques en élevage avicole…………………………………………..21 I.3.2. Antibiorésistance bactérienne…………………………………………………………..22 I.3.3. Type de résistance………………………………………………………………………22 I.3.3.1. Résistance naturelle (intrinsèque)…………………………………………………….22 I.3.3.2. Résistance acquise……………………………………………………………………22 I.3.4. Mécanisme de résistance aux antibiotiques…………………………………………….23 I.3.4.1. Modification de la cible de l’antibiotique…………………………………………….23 I.3.4.1.1. Altération de la PBP (Penicillin Binding Protein)………………………………….23 I.3.4.1.2. Altération de la sous-unité 30S ou 50S du ribosome……………………………….24 I.3.4.1.3. Altération des précurseurs de la paroi cellulaire……………………………………24 I.3.4.1.4. Mutations dans les ADN-gyrases et les topoisomérases IV………………………..24 I.3.4.2. Inactivation enzymatique de l’antibiotique…………………………………………...25 I.3.4.3. Efflux actif …………………………………………………………………………...25 I.3.4.4. Limitation de la perméabilité d’antibiotique………………………………………...25 I.3.5. Conséquences de l’antibiorésistance…………………………………………………...26 CHAPITRE II : PARTIE EXPERIMENTALE MATERIEL ET METHODES II.1. Stratégie et objectifs d’étude…………………………………………………………….28 II.2. Méthodologie de l’enquête………………………………………………………………28 II.2.1. Description du questionnaire…………………………………………………………..29 II.2.2. Diffusion du questionnaire…………………………………………………………….30 II.2.3. Collecte et traitement des données…………………………………………………….30 II.3. Analyses bactériologique………………………………………………………………..31 II.3.1. Matériel et méthodes…………………………………………………………………..31 II.3.1.1. Matériel……………………………………………………………………………...31 II.3.1.1.1. Abattoir…………………………………………………………………………….31 II.3.1.1.2. Milieux de culture………………………………………………………………....31 II.3.1.1.3. Produits de laboratoire et réactifs utilisés………………………………………….32 II.3.1.2. Méthodes…………………………………………………………………………….32 II.3.1.2.1. Prélèvements des échantillons……………………………………………………..32 II.3.1.2.2. Protocole expérimental des analyses microbiologiques…………………………...32 II.3.1.2.2.1. Isolement des E. coli…………………………………………………………….34 II.3.1.2.2.2. Identification morphologique………………………………………………........35 II.3.1.2.2.3. Identification biochimique………………………………………………………35 II.3.1.2.2.4. Antibiogramme………………………………………………………………….38 II.3.1.2.2.5. Détection des BLSE…………………………………………………………….41 II.3.1.2.2.5.1. Test de synergie……………………………………………………………….41 II.3.1.2.2.5.2. Test de confirmation (technique du double disque)…………………………..41 II.3.1.2.2.6. Caractérisation génomique………………………………………………………43 II.3.2. Analyse statistique…………………………………………………………………….44 RESULTATS ET DISCUSSION II.4. Résultats de l’enquête………………………………………………………………….45 II.4.1. Taux de réponse et répartition des vétérinaires………………………………………..45 II.4.2. Caractéristiques des enquêtés………………………………………………………….45 II.4.2.1. Expérience du vétérinaire……………………………………………………………45 II.4.2.2. Importance de l’activité avicole chez les clientèles………………………………...46 II.4.3. Type de spéculation suivi……………………………………………………………...47 II.4.4. Normes d’élevage……………………………………………………………………..48 II.4.4.1. Normes de conception des bâtiments d’élevage…………………………………….48 II.4.4.2. Conditions d’hygiène………………………………………………………………..49 II.4.5. Infection colibacillaire…………………………………………………………………50 II.4.5.1. Fréquence d’apparition………………………………………………………………50 II.4.5.2. Saisonnalité de la colibacillose………………………………………………………50 II.4.5.3. Rôle de la phase d’élevage…………………………………………………………..51 II.4.5.4. Impact des APEC sur les performances avicoles……………………………………52 II.4.5.5. Principales lésions rencontrées………………………………………………………54 II.4.5.6. Diagnostic……………………………………………………………………….......55 II.4.5.7. Traitement antibiotique en cas de colibacillose aviaire……………………………..56 II.4.6. Utilisation des antibiotiques dans les élevages de poulet de chair…………………….57 II.4.6.1. Motifs et fréquence d’emploi des antibiotiques……………………………………..57 II.4.6.2. Choix du traitement………………………………………………………………….58 II.4.6.3. Supervision de l’opération d’administration des antibiotiques……………………...59 II.4.6.4. Echec thérapeutique…………………………………………………………………60 II.5. Résultats des analyses bactériologiques………………………………………………61 II.5.1. Identification des E.coli………………………………………………………………..63 II.5.2. Résultats d’antibiogramme…………………………………………………………….64 II.5.3. Analyse comparative des taux de résistance d'E. coli aux différentes familles d'antibiotiques………………………………………………………………………………...67 II.5.3.1. β-lactamines………………………………………………………………………….68 II.5.3.2. Quinolones ……………………………………………………………………….....68 II.5.3.3.Tétracyclines…………………………………………………………………………69 II.5.3.4. Sulfamides…………………………………………………………………………...69 II.5.3.5. Polypeptides…………………………………………………………………………70 II.5.3.6. Aminosides ………………………………………………………………………….70 II.5.3.7. Phénicolés……………………………………………………………………………71 II.5.3.8. Furanes………………………………………………………………………………71 II.5.4. Multirésistance des souches d’E.coli............................................................................72 II.5.5. Profils de résistance……………………………………………………………………73 II.5.6. Les BLSE……………………………………………………………………………...74 II.5.7. Caractérisation génomique…………………………………………………………….75 II.5.7.1. Sérotype……………………………………………………………………………...75 II.5.7.2. Détection des gènes de résistance aux antibiotiques………………………………...75 II.5.7.3. Facteurs de virulences……………………………………………………………….78 |
Exemplaires (1)
| Cote | Support | Localisation | Disponibilité |
|---|---|---|---|
| DOC-AGR/82 | These doctorat | bibliotheque departement agronomie | disponible Disponible |
